New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 152 (0.750) | 14 (0.080) | 8/138 | NT | 9.7% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 131 (0.750) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGACT > USA300TCH1516_ALE/260234‑260414 | taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 2:409352/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt < 2:2447035/91‑1 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAtt < 1:591102/91‑1 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAtt > 2:2542631/1‑91 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGCGTAACAGAATGCATTTAGCATATTACTGTTACAAAAAtt > 1:3677313/1‑91 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 2:381013/91‑1 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 2:163606/91‑1 (MQ=255) cTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGt < 1:422331/91‑1 (MQ=255) tAAATTAAAGTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTa < 2:38666/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTAc < 1:1257724/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACa < 1:1748134/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAGCAGAATGCTATTCGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc < 1:3149521/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc < 2:540795/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 1:550802/1‑91 (MQ=255) 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gAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacata < 1:147335/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacataca > 2:1742644/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacataca < 2:3058556/91‑1 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat > 1:2746772/1‑91 (MQ=255) aGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtg < 2:2180059/91‑1 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg < 1:1663118/91‑1 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg < 1:3869208/91‑1 (MQ=255) aaCATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatga > 2:2375586/1‑91 (MQ=255) cATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGaaa > 2:519751/1‑91 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg < 2:1038396/91‑1 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg < 2:2222724/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:1681305/1‑91 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:897527/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGAGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:1972225/91‑1 (MQ=255) cTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACa > 2:903931/1‑91 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 1:3723456/91‑1 (MQ=255) 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TGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAt < 1:1318882‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAttt < 1:65514‑M1/91‑1 (MQ=255) GTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTCGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTa < 1:3246222‑M1/91‑1 (MQ=255) taacagtaatatgctaattgcattctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAt > 1:905044‑M2/36‑91 (MQ=255) AACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtg > 2:3302531‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 2:3196712‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 1:3574063‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 2:2624093‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGGTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 1:3963092‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGa > 1:1565772‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGa < 2:139123‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGa < 2:1112184‑M1/91‑1 (MQ=255) gtaatatgctaattgcattctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGaa > 2:614229‑M2/31‑91 (MQ=255) taatatgctaattgcattctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGaaa > 2:1977987‑M2/30‑91 (MQ=255) aaTGCAATTGGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGaaa < 1:3788070/91‑1 (MQ=255) aaTGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGaaa > 2:2548723/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |