| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 152 (0.750) | 14 (0.080) | 8/138 | NT | 9.7% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 131 (0.750) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > USA300TCH1516_ALE/260194‑260374 | tttAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGT > 2:638872‑M1/1‑91 (MQ=255)gtcattgtagcatgtttgttgtgattttttttacatatattatttacttttttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatt < 2:2492751‑M1/1‑1 (MQ=255)gtcattgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatt < 2:1378723‑M1/1‑1 (MQ=255)gtcattgtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatt < 2:3717027‑M1/1‑1 (MQ=255) ttAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTT < 2:1008089‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTG < 2:3605298‑M1/91‑1 (MQ=255) aaCGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGT < 1:2358671‑M1/91‑1 (MQ=255) aCGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTG > 1:1034995‑M1/1‑91 (MQ=255) gtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacacttttcctcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTa < 2:58917‑M1/7‑1 (MQ=255) gtagcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTa < 1:2134994‑M1/7‑1 (MQ=255) gCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTA < 2:2570825‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTA > 2:1572098‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAA > 1:2068596‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC > 1:229655‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAAC > 1:1000035‑M1/1‑91 (MQ=255) agcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAAc > 2:535282‑M1/83‑91 (MQ=255) agcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAAc > 2:1144571‑M1/83‑91 (MQ=255) gcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACa > 2:3353186‑M1/82‑91 (MQ=255) gcatgtttgttgtgatttttttcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACa > 2:2781692‑M1/82‑91 (MQ=255) aTCAACAATCATTTTTTATAAGCAAATATATACTCCTAATTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 2:508465‑M1/91‑1 (MQ=255) aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG > 2:3097479‑M1/1‑91 (MQ=255) aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 2:975394‑M1/91‑1 (MQ=255) tCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGa < 2:1852305/91‑1 (MQ=255) tCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGa > 1:3442925/1‑91 (MQ=255) caacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGaa < 2:2124219/91‑1 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt > 1:2699862/1‑91 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt < 2:225396/91‑1 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt > 1:2872806/1‑91 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt < 1:3099961/91‑1 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt < 1:3558505/91‑1 (MQ=255) caaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGc < 2:1538429/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCa > 2:2234694/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAAt > 2:1278554/1‑91 (MQ=255) cATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAAtt > 1:1228813/1‑91 (MQ=255) cATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAAtt < 1:1510762/91‑1 (MQ=255) tttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGc < 1:1636225/91‑1 (MQ=255) ttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCa < 1:1823904/91‑1 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 1:2655432/91‑1 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 2:2607944/91‑1 (MQ=255) tcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACt > 1:2264099‑M1/61‑91 (MQ=255) tcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGAAACAGAATGCAATTAGCATATTACt > 2:3070876‑M1/61‑91 (MQ=255) aaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAct < 1:3203179‑M2/91‑3 (MQ=255) aaCAAATATATACGCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 2:3244228‑M1/91‑21 (MQ=255) tcaATTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActg < 2:461691‑M2/90‑4 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgt < 2:45280‑M1/91‑23 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgt > 1:722776‑M2/1‑87 (MQ=255) acataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGt > 1:194495‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtt > 1:464728‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtt > 1:129772‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTGAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtt > 1:338076‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgtta < 2:1402724‑M1/91‑25 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 1:1458741‑M2/1‑85 (MQ=255) ataCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaa < 1:2404673‑M2/91‑12 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 1:942872/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt < 2:2447035/91‑1 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAtt > 2:3179314/1‑91 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAtt > 2:1997145/1‑91 (MQ=255) tCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTa < 2:380468/91‑1 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAATAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 2:163619/91‑1 (MQ=255) ccTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAg < 1:393387/91‑1 (MQ=255) cTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGt < 2:3302447/91‑1 (MQ=255) tAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTa > 1:2824804/1‑91 (MQ=255) tAAATTAAAGTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTa < 2:38666/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACa < 1:1748134/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTTAAGGCAATGAAAATCGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATGAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt < 2:3022260/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt < 1:1300437/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAGCAGAATGCGATTTGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTc < 1:3149503/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 2:709576/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 1:550802/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 2:3578786/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 2:347469/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 2:1070025/91‑1 (MQ=255) aaaGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGtt < 1:3648338/91‑1 (MQ=255) aaGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGttt < 2:852864/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg > 2:1912488/1‑91 (MQ=255) cAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGa < 2:3272239/91‑1 (MQ=255) cAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGa < 2:2836190/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:3789387/91‑1 (MQ=255) tGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacat > 2:3879474/1‑91 (MQ=255) gAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacata < 1:147335/91‑1 (MQ=255) gAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacata < 1:570415/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacataca > 2:1742644/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat > 1:2746772/1‑91 (MQ=255) aGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtg < 2:2180059/91‑1 (MQ=255) gTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtga < 1:839690/91‑1 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg < 1:3869208/91‑1 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg > 2:2378827/1‑91 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg > 2:2545716/1‑91 (MQ=255) ttATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAAt < 1:638872/91‑1 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg < 2:2222723/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:897527/1‑91 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:1681439/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTa > 1:2941119/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGAGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:1972225/91‑1 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 1:3723456/91‑1 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 2:1467464/91‑1 (MQ=255) gttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATa < 1:1529182/91‑1 (MQ=255) gttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATa > 1:2538955/1‑91 (MQ=255) ttgtGTAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtat < 1:96189‑M1/91‑81 (MQ=255) ttgtGTAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtat < 1:3501614‑M1/91‑81 (MQ=255) | TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > USA300TCH1516_ALE/260194‑260374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |