| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 263532 | 162 (0.800) | 21 (0.120) | 12/140 | NT | 12.4% | intergenic (+31/‑305) | pflA/ugpQ_2 | Pyruvate formate‑lyase‑activating enzyme/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 263550 | 155 (0.870) | intergenic (+49/‑287) | pflA/ugpQ_2 | Pyruvate formate‑lyase‑activating enzyme/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic | |||||
GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/263433‑263532‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcatatgcCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < USA300TCH1516_ALE/263550‑263461 GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA > 1:1293868/1‑91GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA > 2:3458482/1‑91 ATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAA > 2:2761318/1‑91 GATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGC < 1:3757036/91‑1 ATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCA < 1:3622378/91‑1 TGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCAT > 2:1395295/1‑91 TGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCAT < 2:678986/91‑1 TGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTCATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGACAAGAAAGCAT > 2:3597396/1‑91 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAGCTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCtgct < 2:2353692/91‑5 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCtgct < 2:2352839/91‑5 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT > 2:2200944/1‑91 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT < 1:270324/91‑1 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT > 1:2616500/1‑91 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT > 2:1042732/1‑91 AGCTGTTAAGGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATG < 2:3720445/91‑1 AGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATG > 2:1269173/1‑91 AGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATG < 1:1360682/91‑1 GCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC < 1:1034270/91‑1 CAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCT < 2:2244309/91‑1 AGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCT < 1:932198/91‑1 AGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAAGAAGCATATGCCCCTTCACTCT < 1:109770/91‑1 TACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAA < 1:2489358/91‑1 ACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 2:1792115/91‑1 ACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 1:3915104/91‑1 ACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 2:3750765/91‑1 CGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTT < 1:3616841/91‑1 GTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTG < 1:3098100/91‑1 GTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTG < 1:1455951/91‑1 gTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGC < 2:1037397/90‑1 ATGTTAACTTCAAGGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAGAGCAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCAT < 2:2964818/91‑1 ATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCAT < 2:2964700/91‑1 ATGTTAACCTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAAGACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCAT < 2:1912297/91‑1 TGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATAT < 1:1190945/91‑1 GTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATAT < 1:3746518/91‑1 TTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATG < 2:1004233/91‑1 TAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCT < 1:2570627/91‑1 AACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAAGAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCT < 2:2310751/91‑1 ACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAAGAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTT < 1:245497/91‑1 CTTCAAAGGGAAAATTCGCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTT < 1:3381795/91‑1 GAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTCTAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAA > 2:695412/1‑91 gagGCATATGCGCCTTCACTCTTGAGGTTGCATATGCTTTCTTGTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAG < 2:611337/88‑1 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT > 2:1331902/1‑91 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATCTATAATTCAACGGGAATCTTCCCTTTGAAGT > 2:1331737/1‑91 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTGCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT < 1:3952107/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 2:3827550/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 2:2274461/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAAtta < 2:1058707/91‑4 GCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTA > 2:1169422/1‑91 GCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTA > 1:94782/1‑91 GCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTA > 1:3930838/1‑91 GCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTA > 2:2442406/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGACTTTTCCCTTTGAAGTTAA > 2:484702/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 2:1589238/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA < 1:2420340/91‑1 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 1:1204868/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA < 1:2773791/91‑1 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTACTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 2:2964137/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:1890667/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:2903925/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:3113728/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:1824882/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 2:2070553/1‑91 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA < 2:1390449/91‑1 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA < 1:2486292/91‑1 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA < 1:2333685/91‑1 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGCCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA > 1:2898402/1‑91 ATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACAT < 2:424884/91‑1 ATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACAT > 2:958532/1‑91 ATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACAT > 2:1458553/1‑91 TGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATA < 1:1330237/91‑1 GCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGCATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAA > 2:3678405/1‑91 GCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAA > 1:3241869/1‑91 CCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < 2:3503169/91‑1 CCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < 2:1411501/91‑1 GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/263433‑263532‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcatatgcCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < USA300TCH1516_ALE/263550‑263461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |