| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 284040 | 167 (0.820) | 10 (0.060) | 6/140 | NT | 6.0% | intergenic (+265/+55) | ldh1/ptsG_2 | L‑lactate dehydrogenase 1/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 284055 | 165 (0.930) | intergenic (+280/+40) | ldh1/ptsG_2 | L‑lactate dehydrogenase 1/PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
CATTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/283941‑284040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaacgatgtACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCG < USA300TCH1516_ALE/284055‑283966 CATTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAG < 2:880492/91‑1CATTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAG < 1:533002/91‑1 acTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGACTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAAAGCTGCAAATGTAACATAAAAAATAAAAGC > 2:1743273/3‑91 ATTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGCTTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGC > 2:398561/1‑91 ATTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGC > 2:3744105/1‑91 TTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCA < 1:2999939/91‑1 TAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCGCTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAA < 2:746508/91‑1 TAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAA < 2:1994310/91‑1 AGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACG < 2:3331618/91‑1 AGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACG < 2:3331653/91‑1 AGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACG > 2:520457/1‑91 GATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGA < 2:723537/91‑1 GATGATGGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGA < 2:722990/91‑1 ATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTGCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGAT < 1:3510935/91‑1 TGATTGTGTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACGACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATG < 2:3768173/91‑1 TGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATG > 2:2916303/1‑91 TGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATG > 2:2916258/1‑91 TGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATG < 1:3222951/91‑1 GATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGT > 1:1149269/1‑91 CGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCACATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGA < 1:3144825/91‑1 CGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGA < 1:26346/91‑1 ATTTGGGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACA < 2:3199269/91‑1 ATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACA < 1:1650604/91‑1 ATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACA < 2:2597081/91‑1 ATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACA < 2:2641135/91‑1 TTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACAT < 1:1522473/91‑1 TGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCG < 1:105081/91‑1 GCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGT < 1:3616016/91‑1 CACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTT < 1:765878/91‑1 GCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCC > 1:1735335/1‑91 CAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCC < 2:2625106/91‑1 CAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCC > 2:578885/1‑91 CAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCC > 1:1148086/1‑91 CGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTTTTTTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGTGCCGGCA > 2:3430759/1‑91 TGTACGAAGTAAGAAGTGGCATCGTTGCTTTTATGTTTAATGTTACCTTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTGGTGTGACCGAAAAT < 2:1242888/91‑1 TGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAAT < 2:2160396/91‑1 TGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAAT > 1:14972/1‑91 TGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAAT < 2:2048956/91‑1 TGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAAT > 1:1414245/1‑91 TGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAAT > 2:1258268/1‑91 GTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATC < 1:3850381/91‑1 TACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGATCCCGCAAATCG > 1:3583904/1‑91 TACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCG > 2:2096625/1‑91 CATTAAGATGATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/283941‑284040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaacgatgtACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCG < USA300TCH1516_ALE/284055‑283966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |