New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 284040 | 167 (0.820) | 10 (0.060) | 6/140 | NT | 6.0% | intergenic (+265/+55) | ldh1/ptsG_2 | L‑lactate dehydrogenase 1/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
? | USA300TCH1516_ALE | = 284055 | 165 (0.930) | intergenic (+280/+40) | ldh1/ptsG_2 | L‑lactate dehydrogenase 1/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTGTAACGTGAG > USA300TCH1516_ALE/283965‑284144 | gCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGt < 1:104486/91‑1 (MQ=255) cGATTTGCGGGATCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTa > 1:3583904‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTaca > 1:1414245‑M2/1‑88 (MQ=255) tGCCGGCACACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAAAAAAAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcg > 2:3430759‑M2/1‑85 (MQ=255) gggCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttg > 2:578885‑M2/1‑82 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGcc > 1:1281595/1‑91 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGcc > 2:747970/1‑91 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGcc < 1:2344948/91‑1 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGcc < 1:2218042/91‑1 (MQ=255) cTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCa < 2:2033567/91‑1 (MQ=255) cTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCa < 1:2927505/91‑1 (MQ=255) tCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAt < 1:3262315/91‑1 (MQ=255) tCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAt > 1:2035353/1‑91 (MQ=255) gcACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAAGGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAt < 2:2502512/90‑1 (MQ=255) gacgaCAGTGCATGCTGAAGGAAATCCTTCACCTGTAACCTTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAtt < 2:1821798/87‑1 (MQ=255) aCTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTa < 2:3845110/91‑1 (MQ=255) cTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAg > 1:3479623/1‑91 (MQ=255) cTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAg < 1:3800243/91‑1 (MQ=255) tACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGt < 1:2991482/91‑1 (MQ=255) aGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCt > 1:1681214/1‑91 (MQ=255) gTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTg < 2:422474/91‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGtt < 1:136514/91‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGtt < 2:3304297/91‑1 (MQ=255) cATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTg < 1:231166/91‑1 (MQ=255) cATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTg > 1:2087097/1‑91 (MQ=255) atgatgAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGa < 1:3726601/91‑1 (MQ=255) tgatgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGat > 2:508595/1‑91 (MQ=255) tgatgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGat > 2:2581750/1‑91 (MQ=255) gatgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGata > 2:2460131/1‑91 (MQ=255) tgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATAtt < 1:2477998/91‑1 (MQ=255) tgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATAtt < 1:3228446/91‑1 (MQ=255) tgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATAtt < 1:206110/91‑1 (MQ=255) aaCTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTc < 1:1158511/91‑1 (MQ=255) aaCTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTc > 2:3697296/1‑91 (MQ=255) aaCTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTc > 1:966977/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTa < 2:1824700/91‑1 (MQ=255) aTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAg < 1:2625538/91‑1 (MQ=255) aTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAg < 1:1589337/91‑1 (MQ=255) tGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGt > 1:3525494/1‑91 (MQ=255) gCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTc < 2:823760/91‑1 (MQ=255) gCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTc > 2:2783340/1‑91 (MQ=255) cTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACGTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCt < 2:12589/91‑1 (MQ=255) tCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTa < 2:1462905/91‑1 (MQ=255) tCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGATGCAATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTa > 1:2183903/1‑91 (MQ=255) cAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTaa > 2:1515257/1‑91 (MQ=255) cAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTaa > 2:2374049/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCTTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATc > 1:3881833/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATc > 2:271891/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATc < 2:1887408/91‑1 (MQ=255) aTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATcc > 2:1977710/1‑91 (MQ=255) tGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATccc > 2:2084644/1‑91 (MQ=255) tGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATccc < 1:1822026/91‑1 (MQ=255) gTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATcccc < 2:3592557/91‑1 (MQ=255) tAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCg > 2:1003650/1‑91 (MQ=255) tAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCg > 2:853578/1‑91 (MQ=255) aaCATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGa > 2:544929/1‑91 (MQ=255) cATTAAAAATAAAAGCCACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTCCTGTTCAGATTTCGGTTAGCCTTAATCCCCgcgc > 1:1845330/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCa > 2:2258012/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCa > 1:303096/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAtt > 1:1120827/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAttct < 2:1300640/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAAGCAACGATGTCACTCCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAttct > 2:2602880/1‑91 (MQ=255) aaTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAttctt > 2:2102414/1‑91 (MQ=255) aTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAttcttc > 1:2135479/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCaa > 1:3927672/1‑91 (MQ=255) aaaGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAAt > 1:123713/1‑91 (MQ=255) aaaGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAAt > 1:2249937/1‑91 (MQ=255) aaaGCAACGATATCACTTCTTACGTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCAGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAAt < 2:3015484/91‑1 (MQ=255) aGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAAttt < 1:2743867/91‑1 (MQ=255) aGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAAttt < 1:765090/91‑1 (MQ=255) gCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTc > 2:3538669/1‑91 (MQ=255) aaCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAt < 1:937030/91‑1 (MQ=255) aaCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAt < 1:894847/91‑1 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgc < 1:3616016‑M2/91‑70 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt > 1:459405/1‑91 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt < 1:630870/91‑1 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt < 1:630192/91‑1 (MQ=255) aTGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaa < 1:1522473‑M2/91‑73 (MQ=255) aTGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAttttt > 2:744618/1‑91 (MQ=255) tGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaat < 2:2641135‑M2/91‑74 (MQ=255) tGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccccaaat < 2:3199269‑M2/91‑74 (MQ=255) tGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTGCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTg < 2:1992088/91‑1 (MQ=255) gTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGa < 1:3016868/91‑1 (MQ=255) gTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTCTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGa > 1:3332519/1‑91 (MQ=255) tCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatgtgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaatcg < 1:3144825‑M2/91‑76 (MQ=255) tCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGAt < 2:1621168/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATaa < 2:2872719/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATaa > 2:2148219/1‑91 (MQ=255) tcttACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTg < 1:337390/91‑1 (MQ=255) tcttACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTg < 1:2018683/91‑1 (MQ=255) cttACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTGt < 1:667390/91‑1 (MQ=255) cttACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTGt < 2:2688373/91‑1 (MQ=255) ttACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTGTa > 2:1050050/1‑91 (MQ=255) cTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGATAACTGTAACg > 2:3117707/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |