| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 284040 | 167 (0.820) | 10 (0.060) | 6/140 | NT | 6.0% | intergenic (+265/+55) | ldh1/ptsG_2 | L‑lactate dehydrogenase 1/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 284055 | 165 (0.930) | intergenic (+280/+40) | ldh1/ptsG_2 | L‑lactate dehydrogenase 1/PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGAT > USA300TCH1516_ALE/283950‑284130 | gatTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGT > 1:1149269‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCa < 2:3339656/91‑1 (MQ=255) ttGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCa < 1:3632219/91‑1 (MQ=255) ttGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCa > 2:1583723/1‑91 (MQ=255) ttGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCa > 1:1884844/1‑91 (MQ=255) gTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCAct < 2:1298386/91‑1 (MQ=255) tCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGTACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCActt > 2:1675550/1‑91 (MQ=255) ggCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCg > 1:1978457/1‑91 (MQ=255) gCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGt < 1:104486/91‑1 (MQ=255) cGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCACATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTacgaagtaagaagtga < 1:3144825‑M1/91‑17 (MQ=255) cGATTTGCGGGATCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTa > 1:3583904‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTTCGGTCACACCACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAAGGTAACATTAAACATAAAAGCAACGATGCCACTTCTTACTTCGTaca < 2:1242888‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTaca > 1:14972‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTaca > 2:1258268‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTaca > 1:1414245‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTaca < 2:2160396‑M2/91‑4 (MQ=255) tGCCGGCACACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAAAAAAAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcg > 2:3430759‑M2/1‑85 (MQ=255) gCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTacgaagtaagaagtgacatcgt < 1:3616016‑M1/91‑23 (MQ=255) gggCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttg > 2:578885‑M2/1‑82 (MQ=255) gggCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttg < 2:2625106‑M2/91‑10 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTCCATCGTTGcc > 1:1829416/1‑91 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGcc < 1:2218042/91‑1 (MQ=255) gCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGcc > 2:747970/1‑91 (MQ=255) cTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCa < 1:2927505/91‑1 (MQ=255) tCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAt < 2:1426545/91‑1 (MQ=255) tCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAt < 1:3262315/91‑1 (MQ=255) cACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTacgaagtaagaagtgacatcgttgctttt < 1:765878‑M1/91‑30 (MQ=255) cACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCAtt > 1:2343608/1‑91 (MQ=255) aCTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTa < 2:3845110/91‑1 (MQ=255) cTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAg < 1:3800243/91‑1 (MQ=255) cTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAg > 1:3479623/1‑91 (MQ=255) tACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGt < 1:2991482/91‑1 (MQ=255) aCAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGtt > 1:2811388/1‑91 (MQ=255) aGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCt > 1:2723756/1‑91 (MQ=255) aGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCt > 1:2303055/1‑91 (MQ=255) gTGCATGATGAACTTAATGCTTCTAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCCTTAGTCCtt > 2:615216/1‑90 (MQ=255) gTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTg < 2:422474/91‑1 (MQ=255) tGCATGATGAACTTTATGCTTCCGACTTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGt < 2:1081944/91‑1 (MQ=255) tGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGt < 1:1403821/91‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGtt < 2:3241164/91‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGtt < 2:2834118/91‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGtt < 2:2744490/91‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGtt < 1:136514/91‑1 (MQ=255) atgatgAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGa < 1:3726601/91‑1 (MQ=255) tgatgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGat > 2:2581750/1‑91 (MQ=255) tgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATAtt < 1:2477998/91‑1 (MQ=255) tgaACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATAtt < 1:206110/91‑1 (MQ=255) aaCTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTc > 2:3697296/1‑91 (MQ=255) aaCTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTc < 1:1158511/91‑1 (MQ=255) aaCTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTc > 1:966977/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGtt < 2:851157/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTa < 2:2446535/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTa > 2:557350/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTa > 2:3164852/1‑91 (MQ=255) aTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAg < 1:1589337/91‑1 (MQ=255) aTGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAg < 1:2625538/91‑1 (MQ=255) tGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGt > 1:3525494/1‑91 (MQ=255) gCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTc > 2:2783340/1‑91 (MQ=255) cTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCt < 1:3079366/91‑1 (MQ=255) cTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCt < 1:3349660/91‑1 (MQ=255) cTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCt < 1:1358291/91‑1 (MQ=255) tCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGATGCAATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTa > 1:2183903/1‑91 (MQ=255) cAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTaa > 2:1515257/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCTTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATc > 1:3881833/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATc < 2:1887408/91‑1 (MQ=255) aTGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATcc > 2:1977710/1‑91 (MQ=255) tGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATccc < 1:3188438/91‑1 (MQ=255) tGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATccc > 2:2084644/1‑91 (MQ=255) gTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATcccc < 2:3592557/91‑1 (MQ=255) aaCATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGa > 2:544929/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCa > 2:2258039/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCa < 1:2054714/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCaa > 2:1600060/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAtt > 1:1120827/1‑91 (MQ=255) aaTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAttctt > 2:2102414/1‑91 (MQ=255) aTAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAAttcttc > 1:2135479/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCaa > 1:3927672/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCaa < 1:1669779/91‑1 (MQ=255) 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aaCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAt < 1:937030/91‑1 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt > 1:690606/1‑91 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt < 1:630870/91‑1 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt < 1:630192/91‑1 (MQ=255) aCGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAtt > 1:459405/1‑91 (MQ=255) cGATGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgca < 1:105081‑M2/91‑71 (MQ=255) cGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAttt > 1:1281026/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaa < 1:1522473‑M2/91‑73 (MQ=255) aTGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCAttttt > 1:2611942/1‑91 (MQ=255) tGTacgaagtaagaagtgacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaat < 2:2048956‑M1/91‑89 (MQ=255) tGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaat < 2:2641135‑M2/91‑74 (MQ=255) tGTCACTTCTTACTTCGTacatcgttgcttttatttttaatgttacatttgaagcattaagttcatcatgcactgtagtgagcccgcaaat < 2:2597081‑M2/91‑74 (MQ=255) tGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTGCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTg < 2:1992088/91‑1 (MQ=255) gTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGa < 1:3016868/91‑1 (MQ=255) | GATTGTCTAGCAGAGGCGATTTGCGGGCTCACTACAGTGCATGATGAACTTAATGCTTCAAATGTAACATTAAAAATAAAAGCAACGATGTCACTTCTTACTTCGTACATCGTTGCCATTAGTTCTGTTGATATTTCGGTTAGTCTTAATCCCCGAGCAATTCTTCAATTTCATTTTTGAT > USA300TCH1516_ALE/283950‑284130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |