| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 185 (0.910) | 26 (0.150) | 12/140 | NT | 14.1% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 156 (0.880) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
GTTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/329301‑329202‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtcgctttTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACCA > USA300TCH1516_ALE/329255‑329344 GTTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATT > 2:376959/1‑91 TTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTG > 1:3023917/1‑91 TTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGG > 2:2999182/1‑91 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT < 1:1719646/91‑1 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT > 2:809661/1‑91 TCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGT > 2:956193/1‑91 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGAGCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGAAAAATTGGTCG < 2:2736014/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 2:2736243/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1343724/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1906256/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 2:593422/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:2400410/91‑1 ATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCG < 1:1343681/91‑1 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC > 2:1066107/1‑91 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC > 1:3095757/1‑91 TCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGC > 1:2268535/1‑91 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATACAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:3668588/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 2:2456070/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 2:2455136/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 2:1328291/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:2590021/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:2589858/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:1774958/91‑1 CATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCT < 1:626782/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 2:3154668/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 2:3154890/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:439703/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:439788/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 2:1471274/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 2:625640/91‑1 ATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTT < 1:1620407/91‑1 TATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT < 2:3303616/91‑1 ATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGATGTCATGATTAATTTAATGGATG > 2:2820928/1‑91 AATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAA > 1:159125/1‑91 GCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGA > 1:2931754/1‑91 CGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGAT > 1:1010363/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 2:2800705/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 2:2728403/1‑91 GACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATG > 1:2113160/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 2:1882968/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 2:2592995/1‑91 ACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGA > 1:64675/1‑91 CCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAA > 2:215189/1‑91 CCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAA > 2:215036/1‑91 CCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAA > 2:215162/1‑91 CAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAA > 1:315338/1‑91 CAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAA > 1:315157/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTACTGGATGTAATTATATGATGAAAC > 2:1677926/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 2:3155583/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 1:1617609/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 1:1617822/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 1:3088396/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 2:1776722/1‑91 AGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > 1:3889970/1‑91 GTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACT > 2:307699/1‑91 GTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAG > 1:470703/1‑91 TTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCA > 1:4248/1‑91 TTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCA > 1:4144/1‑91 acccGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGCTTAATTTAATGGATGGAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAGGGTTCTTGATGAAACG < 2:153958/87‑1 GGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATAT < 2:1684775/91‑1 GGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATAT > 2:2725270/1‑91 GTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATA < 2:2903799/91‑1 GTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATA > 1:1306716/1‑91 GTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATA > 1:1407655/1‑91 TCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAT < 1:343025/91‑1 TCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAT < 2:3342100/91‑1 TCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAT < 1:2410988/91‑1 GCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC > 2:2769470/1‑91 GCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC > 2:2154993/1‑91 GCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC > 1:645528/1‑91 GCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC > 1:366815/1‑91 GCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC > 1:2682500/1‑91 GCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTC < 1:226927/91‑1 TTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACC < 2:1275173/91‑1 TTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACCA > 1:3211646/1‑91 TTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACCA > 1:1982843/1‑91 TTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACCA > 1:1640683/1‑91 TTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACCA > 2:846648/1‑91 GTTTCATCATATAATTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/329301‑329202‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtcgctttTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCACCA > USA300TCH1516_ALE/329255‑329344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |