| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 329202 = | 185 (0.910) | 26 (0.150) | 12/140 | NT | 14.1% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 329255 = | 156 (0.880) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATA > USA300TCH1516_ALE/329112‑329292 | tggtgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaa > 1:1640683‑M1/91‑91 (MQ=255)tggtgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaa > 1:1982843‑M1/91‑91 (MQ=255) ggtgaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaaa < 2:1275173‑M1/2‑1 (MQ=255) ctgcaatTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAA > 2:2826417‑M1/4‑91 (MQ=255) cTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAA < 1:3850025‑M1/91‑1 (MQ=255) aCAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAG < 2:1761250‑M1/91‑1 (MQ=255) gaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGc > 1:645528‑M1/87‑91 (MQ=255) gaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGc > 1:366815‑M1/87‑91 (MQ=255) gaatatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGc > 2:2154993‑M1/87‑91 (MQ=255) cAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGC < 2:2991437‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATCCAAAATAAAGCG < 1:3038181‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAC < 2:3278875‑M1/91‑1 (MQ=255) tatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAc > 1:1407655‑M1/84‑91 (MQ=255) tatatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAc < 2:2903799‑M1/8‑1 (MQ=255) atatcgtttcatcaagaaccatctctgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGAcc > 2:2725270‑M1/83‑91 (MQ=255) ataCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCA < 1:1150339‑M1/91‑1 (MQ=255) ataCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCA > 2:2618511‑M1/1‑91 (MQ=255) taCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCaa > 1:2194517/1‑91 (MQ=255) taCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCaa < 1:1914537/91‑1 (MQ=255) cTTTCGTAAACGTTTTTGACTAATGGGGCATGTAGAGAACTCTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATCGCATACAAAATAAAGCGACCCAtt > 2:3679201/1‑91 (MQ=255) cTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtt > 1:2912365/1‑91 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtttt > 2:3155101/1‑91 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtttt < 1:271107/91‑1 (MQ=255) tAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAg < 2:2427219/91‑1 (MQ=255) gATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTa < 1:91636/91‑1 (MQ=255) gATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTa < 1:1452367/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg < 2:3388388/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg > 1:5240/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg > 1:747499/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACg > 1:3388075/1‑91 (MQ=255) ttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGaa > 2:2065344/1‑91 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAAtt > 2:3804988/1‑91 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAAtt > 2:436239/1‑91 (MQ=255) gATGAATGGGGAATGTAGAGACCATTTCTTTGTAAGTTTATAATCGAATAACATACAGCATCAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTCCGAAtt > 2:3563124/1‑91 (MQ=255) aTTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTg > 2:1390561/1‑91 (MQ=255) aTTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTg > 1:2409877/1‑91 (MQ=255) tAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTa < 2:2818151/91‑1 (MQ=255) tgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa > 1:4248‑M1/58‑91 (MQ=255) 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ttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTgg > 2:215036‑M1/46‑91 (MQ=255) tcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGt > 2:2592995‑M1/45‑91 (MQ=255) tcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGt > 2:1882968‑M1/45‑91 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAgttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggt < 2:3089886‑M1/91‑38 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAgttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggt < 1:1349088‑M1/91‑38 (MQ=255) agaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtc > 1:2152905‑M2/1‑86 (MQ=255) atcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCg > 1:1010363‑M1/43‑91 (MQ=255) tcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGc > 1:2931754‑M1/42‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |