| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 351315 | NA (NA) | 13 (0.070) | 6/146 | NT | 5.7% | coding (259/501 nt) | yezG_8 | putative antitoxin YezG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 352313 | 238 (1.170) | coding (235/489 nt) | yezG_10 | putative antitoxin YezG | |||||
ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGaaac‑ttt‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/351226‑351315‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAGT < USA300TCH1516_ALE/352313‑352217 ATTCAGACATACCTACAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTCAAAGTTTATCGAATATTTGATGAGTTAAGAGA > 1:3378737/1‑91ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGGATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA < 2:3049363/91‑1ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA < 1:3849124/91‑1ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA < 1:3516971/91‑1ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA < 1:3324963/91‑1ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA > 2:1542920/1‑91ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA < 1:388280/91‑1ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA > 2:248385/1‑91 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:589536/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:309249/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 2:2513505/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA > 1:1929172/1‑91 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA > 1:1928900/1‑91 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:1828689/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:1739316/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:1224352/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:1374572/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:1739315/91‑1 TTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAA < 1:1738129/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTGAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 1:3239256/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 1:2587351/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 2:1417608/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 1:3576518/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 2:2910171/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 1:3491352/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 1:1368209/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 1:3200920/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 1:1609477/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 1:2586201/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 2:3223950/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 1:428506/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 1:2270508/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 1:79522/1‑91 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA < 2:1960032/91‑1 TCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAA > 2:1895057/1‑91 CAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC < 2:3768608/91‑1 CAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC < 2:1784229/91‑1 CAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC > 2:1279299/1‑91 CAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC > 2:2362350/1‑91 CAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC < 1:1769397/91‑1 AGACATACCTAAAGATTGGAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T > 2:1462568/1‑91 AGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T < 2:3160863/91‑1 AGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T < 2:1414595/91‑1 AGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T > 1:61249/1‑91 AGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T < 1:2879116/91‑1 AGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T < 1:1662104/91‑1 AGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑T < 1:1661478/91‑1 GACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT < 2:878348/91‑1 GACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT < 1:2003046/91‑1 GACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT > 1:713735/1‑91 GACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT < 1:2002765/91‑1 GACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT < 2:1283301/91‑1 GACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT > 2:1814827/1‑91 GACATACCTAAAGATTGCAATGTAACAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TT < 2:878622/91‑1 ACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTT < 2:3383930/91‑1 ACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTT > 2:3348197/1‑91 ACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTT > 2:3348106/1‑91 ATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATTGACTGTTTGATCAGTTAAGAGTAAC‑Tatta > 2:404011/1‑87 GTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAACTTTTAAACCATGAATTCTTAAAA > 1:2354797/1‑91 AAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA < 2:999929/59‑1 AAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGA > 1:999929/1‑59 TTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAAT > 2:2390346/1‑91 TAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATA > 1:2283876/1‑91 GTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGTATGTCTG > 1:2253741/1‑91 GTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGTATGTCTG > 1:2517650/1‑91 TTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGA > 2:1388529/1‑91 TTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGA > 2:2141701/1‑91 TTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGA > 1:3918584/1‑91 TTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAA > 2:2354517/1‑91 TTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TCTAAACCATGAATTGTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTCTAGGTATGTCAGAA > 1:3563155/1‑91 TATCGACTGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGTATGTCTGAAT > 1:3076727/1‑91 TATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGTATGTCTGAAT > 2:1205405/1‑91 TATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGAAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAAT > 1:2802904/1‑91 AAAC‑TTTAAACCATGAGTTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGG < 2:3785455/91‑1 AAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGT < 1:1377441/91‑1 AC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTT > 2:286706/1‑91 AC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTT < 1:455842/91‑1 C‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCGATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCGCTTCCTGGTTT < 2:1011567/91‑1 C‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTT < 2:1009574/91‑1 TTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAG > 1:445884/1‑91 TTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAG > 2:2148488/1‑91 TTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAG < 1:1034409/91‑1 TTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAG < 1:1034343/91‑1 TAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAGT > 1:1842886/1‑91 TAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAGT > 1:1772167/1‑91 TAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAGT > 1:1772085/1‑91 ATTCAGACATACCTAAAGATTGCAATGTCTCAAAAGATATTTTTAAGAATTCATGGTTTAAAGTTTATCGAATGTTTGATGAGTTAAGAGaaac‑ttt‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/351226‑351315‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAC‑TTTAAACCATGAATTCTTAAAAATATCTTTTGAGACATTGCAATCTTTAGGAATATCTGAATAATAATTCAAATCTTCACTTCCTGGTTTAGT < USA300TCH1516_ALE/352313‑352217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |