| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 374491 = | 163 (0.800) | 12 (0.070) | 6/144 | NT | 7.2% | intergenic (+109/+133) | lip2/USA300HOU_RS01705 | Lipase 2/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 374527 = | 162 (0.880) | intergenic (+145/+97) | lip2/USA300HOU_RS01705 | Lipase 2/hypothetical protein | |||||
GATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/374587‑374491‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gacaggcgTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATAA > USA300TCH1516_ALE/374527‑374616 gagAAACAGTTAGTCGATCAACCAGATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAGACGGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTGCGCTAATGAGA < 2:379007/88‑1GATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGA < 1:1534164/91‑1GATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGA < 2:378437/91‑1GATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGA < 1:2077425/91‑1 ATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGAC < 1:1095763/91‑1 ATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGAC < 2:1372465/91‑1 ATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGAC > 2:1834078/1‑91 TAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACA > 2:1523517/1‑91 AAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCCTAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAG > 1:3955447/1‑91 AAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCCTAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTAGCTAATGAGACAG > 1:3955218/1‑91 AAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAG > 1:2267032/1‑91 AAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAG < 2:1238050/91‑1 cACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGATTTCGCTCATGAGTCAGG > 2:1514622/2‑91 AACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGG > 2:1861481/1‑91 AACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGG < 1:1296792/91‑1 ACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGC > 1:3409926/1‑91 ACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGC > 1:3410005/1‑91 ACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGC < 1:3045547/91‑1 ACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGC < 2:3346888/91‑1 CAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCG < 1:3261580/91‑1 CAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCG > 1:2329799/1‑91 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTT > 2:2270778/1‑91 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTT > 2:2270787/1‑91 GTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTAT > 1:3878533/1‑91 TCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATC > 2:1054630/1‑91 TCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATC > 1:1715816/1‑91 TCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATC > 2:1054472/1‑91 CCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCAT > 2:1790676/1‑91 CCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCAT > 2:1790710/1‑91 CCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTAGCAT > 1:3557465/1‑91 TTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGA > 2:146567/1‑91 TTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGAT > 1:3590999/1‑91 TTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGAT > 2:3098024/1‑91 gtACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTT < 2:2723891/89‑1 ggtCAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATATATTGTATGAAGGATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTT < 2:2723982/88‑1 GACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTT < 2:2828486/91‑1 ACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTA > 1:3572459/1‑91 ACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTA > 2:51872/1‑91 CAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAA > 1:3007266/1‑91 CAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAA > 2:528633/1‑91 AGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAA > 2:1614526/1‑91 AGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAA > 1:201615/1‑91 AGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAA < 2:3612240/91‑1 AGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAA < 2:399869/91‑1 GGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAA < 2:2027591/91‑1 GGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAA < 1:1949766/91‑1 GGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAA > 1:676399/1‑91 GCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAAT > 1:2677734/1‑91 GCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAAT > 2:3468096/1‑91 CGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATA < 2:1568441/91‑1 GTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATAA > 1:3083198/1‑91 GTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATAA < 1:3326386/91‑1 GTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATAA < 1:3326589/91‑1 GATAAACAGTTATTCGATCAACCATATTATTCATACAATTTATTAAGCTCATAAACAGATACGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/374587‑374491‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gacaggcgTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATAA > USA300TCH1516_ALE/374527‑374616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |