New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 374491 = | 163 (0.800) | 12 (0.070) | 6/144 | NT | 7.2% | intergenic (+109/+133) | lip2/USA300HOU_RS01705 | Lipase 2/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 374527 = | 162 (0.880) | intergenic (+145/+97) | lip2/USA300HOU_RS01705 | Lipase 2/hypothetical protein |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCATGATGATAAATTGAGTTTTTTAAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/374437‑374617 | cAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGt > 2:1904831/1‑91 (MQ=255) ggcgataAGGAGCAGCACGGTGGTGAATGTAAAAATAGTAAAGTGGAGGAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTa < 2:1685011/87‑1 (MQ=255) aGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTa < 1:756154/91‑1 (MQ=255) aGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTa > 2:2035350/1‑91 (MQ=255) gATATAAGTAGCATCACAGTATTGAATGTAAAAATAGTAAAGTAAAAAAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTAt < 2:338353/91‑1 (MQ=255) atatAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATc > 2:2077111/1‑91 (MQ=255) atatGTAGCATCACAGTGTTGAATTTACAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTTGCGAAAACTAAAGGGACAGCCGTCTCTg > 2:3393380/1‑91 (MQ=255) ataAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTg < 1:3051488/91‑1 (MQ=255) ataAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTg < 1:2923555/91‑1 (MQ=255) aaGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCCTTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGtt > 1:3506957/1‑91 (MQ=255) aaGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGtt < 2:2939254/91‑1 (MQ=255) aaGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGtt > 1:1730097/1‑91 (MQ=255) gTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTa > 2:2358968/1‑91 (MQ=255) tAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTAt < 1:2236142/91‑1 (MQ=255) aGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATg < 1:1509883/91‑1 (MQ=255) aGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATg > 2:3891727/1‑91 (MQ=255) cATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAg > 1:667917/1‑91 (MQ=255) aTCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGc < 1:2557415/91‑1 (MQ=255) aTCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGc > 1:2441614/1‑91 (MQ=255) gcagaGTGTTGAATTTGAAAATAGTAGGGTGAAATAAAGCGCCTGTCTGATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCt < 2:2622961/87‑1 (MQ=255) cacaGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCtt < 2:3313694/91‑1 (MQ=255) cacaGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCtt > 1:3084220/1‑91 (MQ=255) caGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTtaa > 2:2499273/1‑91 (MQ=255) caGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTATCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTtaa < 2:3476359/91‑1 (MQ=255) aGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTtaat < 1:3517123/91‑1 (MQ=255) gtTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAGGGAACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATaaa < 2:36810/91‑1 (MQ=255) tttaaTTTAAAATTAGTAAAGTGAAATAACGCGCCTGTCTCATTAGCGAAATCTAAAGGGACTGGCGTGTCTGTTTATGAGCTTAATAAAt < 1:1428705/88‑1 (MQ=255) ttGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAAt < 1:227567/91‑1 (MQ=255) gAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTg > 2:1788724/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTa > 2:1992739/1‑91 (MQ=255) tAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGCAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTCTATGa > 2:364285/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGaa < 1:2163462/91‑1 (MQ=255) aTAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGaataat < 1:2654085/91‑1 (MQ=255) tAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAataata < 2:1384672/91‑1 (MQ=255) tAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAataata < 2:492440/91‑1 (MQ=255) gTAAAGTGAAATAACGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATg > 2:322052/1‑91 (MQ=255) gTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATg > 1:1373223/1‑91 (MQ=255) tAAAGTGAAATAAGGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATgg < 1:3957260/91‑1 (MQ=255) aaaGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGt > 2:2704922/1‑91 (MQ=255) aaGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGCCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGtt > 1:3154802/1‑91 (MQ=255) aGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTg < 1:1184721/91‑1 (MQ=255) aGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTg > 2:2113047/1‑91 (MQ=255) aGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTg < 1:2748940/91‑1 (MQ=255) aGTGAAATAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTg < 1:2529298/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCg < 2:685020/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCg > 2:103647/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCg < 1:487928/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGa > 2:219486/1‑91 (MQ=255) aTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGaa < 2:558675/91‑1 (MQ=255) aTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGaa > 1:932688/1‑91 (MQ=255) aTAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGaa > 1:2372291/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAAt < 1:1798602/91‑1 (MQ=255) aaaGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATa < 2:881944/91‑1 (MQ=255) aaaGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATa > 1:1846818/1‑91 (MQ=255) aaGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATaa < 2:1359074/91‑1 (MQ=255) aGCGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAAc < 2:1897898/91‑1 (MQ=255) gcgcCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACt > 1:1144166/1‑91 (MQ=255) gcgcCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACt < 1:2103429/91‑1 (MQ=255) CGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTg < 1:3261580‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTg > 1:2329799‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCTGTCTCATTAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGt > 1:3409926‑M1/1‑91 (MQ=255) cctgtccctttagttttcgctaatgagacaggcgTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGtt > 2:2270787‑M2/35‑91 (MQ=255) 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cctttagttttcgctaatgagacaggcgTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCat > 2:1790710‑M2/29‑91 (MQ=255) cctttagttttcgctaatgagacaggcgTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTAGCat > 1:3557465‑M2/29‑91 (MQ=255) tttagttttcgctaatgagacaggcgTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCatga > 2:146567‑M2/27‑91 (MQ=255) aTTGGCGAATACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCatca < 1:3555322/91‑3 (MQ=255) ttAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCatgat > 2:2451923/1‑91 (MQ=255) tAGCGAAAACTAACGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCatgatg > 2:1304170/1‑91 (MQ=255) tAGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCatgatg > 1:3735482/1‑91 (MQ=255) aGCGAAAACTAAAGGGACAGGCGTATCTGTTTATGAGCTTAATAAATTGTATGAATAATATGGTTGATCGAATAACTGTTTATCAtgatga < 1:1035562/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |