| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 374498 | 170 (0.830) | 15 (0.080) | 9/144 | NT | 8.7% | intergenic (+116/+126) | lip2/USA300HOU_RS01705 | Lipase 2/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 374518 | 162 (0.880) | intergenic (+136/+106) | lip2/USA300HOU_RS01705 | Lipase 2/hypothetical protein | |||||
ATATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/374401‑374498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcctgtcCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTGCCG < USA300TCH1516_ALE/374518‑374429 ATATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGC < 2:3922756/91‑1ATATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGC > 2:1377973/1‑91 gTGCTAGGTGAGTCGTGCGGTTAGCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGGAATAAAGCGC < 2:2874048/90‑1 ATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGC < 1:1112990/91‑1 ATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGC < 2:3833742/91‑1 ATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGC < 1:1704640/91‑1 ATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGC < 1:988157/91‑1 TGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCC < 2:3897288/91‑1 TGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCC > 2:3534337/1‑91 TGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCC < 2:2622502/91‑1 GCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCT < 1:3873114/91‑1 GCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCT < 2:845490/91‑1 GCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCT > 2:363665/1‑91 TATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGT < 1:1125582/91‑1 TATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGT < 1:1420220/91‑1 ATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTC < 2:2906709/91‑1 ATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAA < 1:2275712/91‑1 ATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAA < 1:363665/91‑1 ATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAA < 1:2773805/91‑1 TCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGCATTTAAAAATAGTAAAGTGAGATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAAT < 2:2689494/91‑1 TCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAAT < 1:1296825/91‑1 CACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATG < 1:2982727/91‑1 ACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGA < 2:820350/91‑1 ACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGA < 1:1499664/91‑1 GGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAGTAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGA < 2:1749274/91‑1 GGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGA < 1:1102372/91‑1 ACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAG < 2:2981815/91‑1 TCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCG < 1:257344/91‑1 TCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCG < 1:257308/91‑1 AGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCT < 1:1023428/91‑1 ATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTT < 1:3767177/91‑1 CGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGA > 2:1267953/1‑91 CGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGA < 1:2361212/91‑1 CGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGA > 2:2068270/1‑91 CGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGA > 2:2387472/1‑91 CGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGA > 1:2992298/1‑91 CGCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCCACTTATATCTGA > 2:436131/1‑91 GCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTGCTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGAT < 1:3419080/91‑1 GCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGAT > 2:1112084/1‑91 GCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGAT < 1:744774/91‑1 GCCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGAT < 1:1102895/91‑1 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATG < 2:1649384/91‑1 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATG < 2:2817326/91‑1 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATG > 2:2185809/1‑91 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATG < 1:862346/91‑1 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATG > 1:2402350/1‑91 CCTGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATG > 1:2402230/1‑91 TGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTG < 2:1731211/91‑1 TGTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTG < 1:2087778/91‑1 GTCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTGC < 1:1021697/91‑1 TCCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTGCC > 1:2382692/1‑91 CCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTGCCG > 1:1722921/1‑91 CCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTGCCG < 1:2396718/91‑1 ATATGCTATGTAAATCGTGCTGTTATCACGGCACATCAGATATAAGTAGCATCACAGTGTTGAATTTAAAAATAGTAAAGTGAAATAAAGCGCCTGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/374401‑374498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcctgtcCCTTTAGTTTTCGCTAATGAGACAGGCGCTTTATTTCACTTTACTATTTTTAAATTCAACACTGTGATGCTACTTATATCTGATGTGCCG < USA300TCH1516_ALE/374518‑374429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |