| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 407090 = | 121 (0.590) | 9 (0.050) | 7/136 | NT | 7.4% | intergenic (+5/+78) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 407140 = | 123 (0.710) | intergenic (+55/+28) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase | |||||
GCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/407191‑407090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT > USA300TCH1516_ALE/407140‑407228 GCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGA > 1:2091832/1‑91GCAATTAAACCAGCAAATGACTAAGATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGA < 2:3666579/91‑1 CAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGAT > 1:3224961/1‑91 CAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGAT < 1:2417707/91‑1 CAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGAT > 2:3813982/1‑91 AATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATA > 1:3820508/1‑91 AATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATA < 2:2802865/91‑1 AATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATA < 2:1101033/91‑1 AATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATA < 1:458104/91‑1 AATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATA > 1:2587396/1‑91 ATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAA > 2:2821693/1‑91 ATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAA < 2:2047365/91‑1 TTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAAC > 1:3754658/1‑91 TTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAAC > 1:835107/1‑91 TTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTCTGATAAC > 2:3512681/1‑91 TAAATCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAAgt < 1:3291273/91‑3 TAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAACTCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAAgt < 1:1768030/91‑3 TAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACC < 1:58223/91‑1 TAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACC < 2:1923492/91‑1 TAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACC < 2:1923625/91‑1 AAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCT > 1:3754839/1‑91 AAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCT > 1:3754840/1‑91 ACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGT < 2:1684479/91‑1 ACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGT > 1:2237251/1‑91 ACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGT > 1:1220883/1‑91 CCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTT > 1:3082221/1‑91 CATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTT > 2:1857971/1‑91 CATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTT < 2:464035/91‑1 CATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTT < 2:7965/91‑1 CATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTT < 1:3930992/91‑1 ATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTT < 2:1947000/91‑1 ATCAAAAGACTAATATTACCCAATAATTCCATATACAAATAAAATCAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTT < 2:1516830/91‑1 TAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTG > 1:1944697/1‑91 AACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGG > 1:2259086/1‑91 CAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCAGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTT > 2:3256517/1‑91 AGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTT > 1:2754378/1‑91 GGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTA > 2:1960139/1‑91 GGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTA > 1:1185825/1‑91 TATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATT > 1:1447255/1‑91 ATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTG > 1:2610010/1‑91 ATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTG > 1:3775954/1‑91 ATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGC < 2:3081668/91‑1 TAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAATTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCA > 1:3133154/1‑91 AACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCAT < 1:3075035/91‑1 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 2:2353740/1‑91 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 1:3726669/1‑91 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 1:2210898/1‑91 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 1:969413/1‑91 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 2:2353724/1‑91 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 2:2298576/1‑91 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATC > 1:2734245/1‑91 CCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCT < 1:2377690/91‑1 CCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCT < 2:283752/91‑1 CCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCT > 1:1399191/1‑91 CTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTT < 1:1058260/91‑1 TGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTT < 1:2444375/91‑1 TGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTT > 1:1832815/1‑91 TGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTT < 2:3560532/91‑1 TGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTT > 1:1832788/1‑91 TGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGACGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTT > 1:3153664/1‑91 TTTTTTTTTTTTTTTGATTTATTGGGCAATATTAGTCATTTGATGTTTTAATTGCAAATGCTTTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGG > 2:1557682/1‑91 TTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCGTTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGG < 2:1911486/91‑1 TTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGG < 2:1911571/91‑1 TTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGG > 1:3798995/1‑91 TTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGAAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGG > 2:3110923/1‑91 TTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT < 2:298774/91‑1 GCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/407191‑407090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT > USA300TCH1516_ALE/407140‑407228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |