BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	407090 =	121 (0.590)	9 (0.050)	7/136	NT	7.4%	intergenic (+5/+78)	USA300HOU_RS01880/kynB	putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase
*	?	USA300TCH1516_ALE	407140 =	123 (0.710)	9 (0.050)	7/136	NT	7.4%	intergenic (+55/+28)	USA300HOU_RS01880/kynB	putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase

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CAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT  >  USA300TCH1516_ALE/407050‑407228

cAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTAATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATCACCTGttttt                                                                                          >  1:1695747/1‑91 (MQ=255)

 caaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                                         >  1:1944697‑M1/40‑91 (MQ=255)

 aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                                         >  1:388354/1‑91 (MQ=255)

 aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                                         <  1:3937085/91‑1 (MQ=255)

 aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                                         >  2:2110387/1‑91 (MQ=255)

 aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa                                                                                         <  2:3332667/91‑1 (MQ=255)

  aGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAt                                                                                        <  1:2231954/91‑1 (MQ=255)

   gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt                                                                                       >  1:3534488/1‑91 (MQ=255)

   gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt                                                                                       >  2:1928758/1‑91 (MQ=255)

   gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt                                                                                       >  2:2716736/1‑91 (MQ=255)

    cTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATCACCTGTTTTTAttt                                                                                      <  2:1314936/91‑1 (MQ=255)

       tCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGtt                                                                                   >  1:969205/1‑91 (MQ=255)

           tGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg                                                                               <  2:3408849/91‑1 (MQ=255)

           tGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg                                                                               >  1:2652703/1‑91 (MQ=255)

            gCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATgg                                                                              <  2:3754336/91‑1 (MQ=255)

            gCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATgg                                                                              >  2:107696/1‑91 (MQ=255)

              aGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAt                                                                            >  2:2508404/1‑91 (MQ=255)

               gTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAtt                                                                           <  1:2328609/91‑1 (MQ=255)

                ttGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAttt                                                                          <  1:1191527/91‑1 (MQ=255)

                  gTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAt                                                                        >  2:1861091/1‑91 (MQ=255)

                  gTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAt                                                                        >  2:1790538/1‑91 (MQ=255)

                   tATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAtt                                                                       >  1:725338/1‑91 (MQ=255)

                      cAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTggg                                                                    >  2:2444375/1‑91 (MQ=255)

                        aaGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTa                                                                  >  2:2322096/1‑91 (MQ=255)

                         aGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTaa                                                                 >  2:472849/1‑91 (MQ=255)

                          gTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAat                                                                <  2:3235433/91‑1 (MQ=255)

                          gTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAat                                                                <  1:695690/91‑1 (MQ=255)

                           tataAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAata                                                               >  1:3617093/1‑91 (MQ=255)

                              aaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTa                                                            <  1:3282460/91‑1 (MQ=255)

                                ataataAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTatt                                                          >  2:1651602/1‑89 (MQ=255)

                                ataataAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGt                                                          >  2:1290296/1‑91 (MQ=255)

                                 taataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTc                                                         >  2:137144/1‑91 (MQ=255)

                                 taataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTc                                                         >  2:3926420/1‑91 (MQ=255)

                                  aataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCa                                                        >  1:3138090/1‑91 (MQ=255)

                                   ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt                                                       >  2:781383/1‑91 (MQ=255)

                                   ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt                                                       >  2:652230/1‑91 (MQ=255)

                                    taaGAAAACAGGTTATCACCACAGTATTAATTCCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTCATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt                                                      >  2:2354849/1‑91 (MQ=255)

                                    taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt                                                      >  2:1701093/1‑91 (MQ=255)

                                    taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt                                                      >  1:2810065/1‑91 (MQ=255)

                                    taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt                                                      >  2:2820653/1‑91 (MQ=255)

                                    taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGCCAtt                                                      >  1:3291292/1‑91 (MQ=255)

                                      aGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTg                                                    >  1:2210501/1‑91 (MQ=255)

                                      aGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTg                                                    <  1:2074403/91‑1 (MQ=255)

                                       gAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGa                                                   >  1:1118364/1‑91 (MQ=255)

                                       gAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGa                                                   >  1:3816977/1‑91 (MQ=255)

                                        AAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGATTTTATTTGTATATGGAATTATTGGGTAATATTAGTCTTTTGAt                                                  <  2:1516830‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                          aacaggttatgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATgg                                                >  1:2259086‑M2/49‑91 (MQ=255)

                                          AACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATgg                                                >  1:3082221‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                            caggttatgccaacatgtaattaatactgttgtgataaccagttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGtt                                              >  2:3256517‑M2/47‑91 (MQ=255)

                                             aggttatgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGttt                                             >  1:2754378‑M2/46‑91 (MQ=255)

                                              GGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTa                                            <  1:58223‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                               GTTATCAGAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTaa                                           >  2:3512681‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                               GTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTaa                                           >  1:835107‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                               GTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTaa                                           >  1:3754658‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                TTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAt                                          <  2:2047365‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                 tatgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                                         >  1:1447255‑M2/42‑91 (MQ=255)

                                                 TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                                         <  1:458104‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                 TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAAtt                                         >  1:2587396‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                  atgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTg                                        >  1:3775954‑M2/41‑91 (MQ=255)

                                                  ATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTg                                        >  2:3813982‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                       aacaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAAt                                   <  1:2958653/91‑1 (MQ=255)

                                                        acaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCATATg                                  <  1:2428943/91‑1 (MQ=255)

                                                        acaGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATg                                  >  1:843155/1‑91 (MQ=255)

                                                         caGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc                                 <  2:3866527/91‑1 (MQ=255)

                                                         caGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGc                                 <  2:2266179/91‑1 (MQ=255)

                                                          aGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGct                                >  2:3602746/1‑91 (MQ=255)

                                                           gTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctc                               >  1:1950270/1‑91 (MQ=255)

                                                            tATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctct                              <  1:1258673/91‑1 (MQ=255)

                                                            tATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGctct                              <  1:547267/91‑1 (MQ=255)

                                                              ttaattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAACTGCTCTaa                            >  2:3437829/1‑91 (MQ=255)

                                                              ttaattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTaa                            >  1:661117/1‑91 (MQ=255)

                                                              ttaattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTaa                            <  1:3431299/91‑1 (MQ=255)

                                                                aattaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACa                          >  2:822225/1‑91 (MQ=255)

                                                                 attaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAg                         >  2:759150/1‑91 (MQ=255)

                                                                 attaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAg                         <  2:328854/91‑1 (MQ=255)

                                                                  ttaCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAgg                        >  1:3713205/1‑91 (MQ=255)

                                                                   taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg                       >  1:3398431/1‑91 (MQ=255)

                                                                   taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg                       >  2:3063076/1‑91 (MQ=255)

                                                                   taCATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg                       <  2:1897494/91‑1 (MQ=255)

                                                                        gTTGGCATAGCCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAAccc                  <  1:1779900/91‑1 (MQ=255)

                                                                          tGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAg                >  2:1180739/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ggCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGATTACTTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAgg               >  2:110356/1‑91 (MQ=255)

                                                                            gCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGt              <  2:1980053/91‑1 (MQ=255)

                                                                             cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg             <  2:3368729/91‑1 (MQ=255)

                                                                             cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg             >  2:2604158/1‑91 (MQ=255)

                                                                             cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg             <  2:1948372/91‑1 (MQ=255)

                                                                             cATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg             <  1:71846/91‑1 (MQ=255)

                                                                             cATAACCTGTTTTTATGTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGTAGCCCAGGTg             <  2:429434/91‑1 (MQ=255)

                                                                               taacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAATTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCa           >  1:3133154‑M2/12‑91 (MQ=255)

                                                                                 acctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATc         >  2:2298576‑M2/10‑91 (MQ=255)

                                                                                 acctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATc         >  2:2353740‑M2/10‑91 (MQ=255)

                                                                                  cctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCt        <  2:283752‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                  cctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCt        <  1:2377690‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                   ctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCtt       <  1:1058260‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                    tgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCttt      <  2:3560532‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                    tgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCttt      >  1:1832788‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                       tttTTTTTTTTTTTTGATTTATTGGGCAATATTAGTCATTTGATGTTTTAATTGCAAATGCTTTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTgg   >  2:1557682‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                       tttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTgg   <  2:1911571‑M2/88‑1 (MQ=255)

                                                                                       tttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGAAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTgg   >  2:3110923‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                        ttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGt  <  2:298774‑M2/89‑1 (MQ=255)

CAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT  >  USA300TCH1516_ALE/407050‑407228

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.