| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 407090 = | 121 (0.590) | 9 (0.050) | 7/136 | NT | 7.4% | intergenic (+5/+78) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 407140 = | 123 (0.710) | intergenic (+55/+28) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase | |||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGAT > USA300TCH1516_ALE/407000‑407180 | tGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGA > 2:249946‑M1/1‑91 (MQ=255) accaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataaa < 2:298774‑M1/2‑1 (MQ=255) ccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataaaa > 1:3798995‑M1/89‑91 (MQ=255) ccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaacgactaatattacccaataaatccataaacaaataaaa < 2:1911486‑M1/3‑1 (MQ=255) ccaaaagatgcacctgggttccctgttaaagcatttgcaattaaaacatcaaatgactaatattgcccaataaatcaaaaaaaaaaaaaaa > 2:1557682‑M1/89‑91 (MQ=255) aaTGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAA > 1:2342329‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAA > 2:2879466‑M1/1‑91 (MQ=255) atgatgAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTCGTATCAAAGTCTAAATAATAAGAAAA > 2:3429568‑M1/1‑91 (MQ=255) tgatgaAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAAC < 2:2062123‑M1/91‑1 (MQ=255) gatgaAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACA < 1:1436182‑M1/91‑1 (MQ=255) aaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACa < 1:2444375‑M1/6‑1 (MQ=255) aaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACa > 1:1832815‑M1/86‑91 (MQ=255) atgaAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAG > 1:188660‑M1/1‑91 (MQ=255) aagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAg < 1:1058260‑M1/7‑1 (MQ=255) gatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGt > 1:2734245‑M1/83‑91 (MQ=255) gatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGt > 2:2298576‑M1/83‑91 (MQ=255) gatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGt > 1:2210898‑M1/83‑91 (MQ=255) gaAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGT > 1:960451‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTT < 1:1570781‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTT > 1:1468147‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTAT > 2:80603‑M1/1‑91 (MQ=255) gAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATcac > 1:967324/1‑91 (MQ=255) gAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATcac > 2:2077083/1‑91 (MQ=255) aaCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaa > 1:3949913/1‑91 (MQ=255) aCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaac < 2:383870/91‑1 (MQ=255) aCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaac > 2:2421450/1‑91 (MQ=255) cTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaaca < 2:3893715/91‑1 (MQ=255) cTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaaca > 1:2484909/1‑91 (MQ=255) ggTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGt > 2:1253088/1‑91 (MQ=255) aCATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCTAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTattaat < 1:3678042/91‑1 (MQ=255) aCATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTattaat < 2:1331/91‑1 (MQ=255) aCATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTattaat < 1:1654762/91‑1 (MQ=255) aCATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTattaat < 2:3619815/91‑1 (MQ=255) catcatTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGCTATCACAACAGTattaatt > 1:1006673/1‑91 (MQ=255) atTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACAt < 1:1377379/91‑1 (MQ=255) ttGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATg < 2:744848/91‑1 (MQ=255) ttGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATg < 1:1790467/91‑1 (MQ=255) tgtgTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGt > 1:204983/1‑91 (MQ=255) tATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGCTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGc > 2:1637972/1‑91 (MQ=255) aTTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCa > 1:2802974‑M2/1‑90 (MQ=255) ttGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCat < 1:2571245‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCat > 1:485254‑M2/1‑89 (MQ=255) ttGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCat > 2:1012348‑M2/1‑89 (MQ=255) tggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatactgttgtgata < 2:310342‑M1/91‑30 (MQ=255) tggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCata > 1:3824869‑M2/1‑88 (MQ=255) ggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAGTAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatactgttgtgataa < 1:3138678‑M1/91‑31 (MQ=255) ggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataa < 1:1119601‑M2/91‑5 (MQ=255) ggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataa > 1:684060‑M2/1‑87 (MQ=255) ggtggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataa < 1:899626‑M2/91‑5 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCATAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacc < 1:3231721‑M2/91‑7 (MQ=255) tggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacc > 2:2575530‑M2/1‑85 (MQ=255) taaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAAcc > 2:1960139‑M1/48‑91 (MQ=255) ggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacct > 1:770902‑M2/1‑84 (MQ=255) ggCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacct > 1:3740465‑M2/1‑84 (MQ=255) cGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgt < 2:2248662‑M2/91‑10 (MQ=255) ccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGtt > 1:2259086‑M1/44‑91 (MQ=255) gTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAGCAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgttt > 2:1854616‑M2/1‑80 (MQ=255) gTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgttt < 2:707952‑M2/91‑12 (MQ=255) gTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgttt > 1:2343744‑M2/1‑80 (MQ=255) cAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTAATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATCACCTGttttt > 1:1695747/1‑91 (MQ=255) cAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGG‑TATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa < 2:3333794/91‑1 (MQ=255) aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa > 1:388354/1‑91 (MQ=255) aaGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAAGAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa < 2:3332625/91‑1 (MQ=255) aGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATgccaacatgtaattaatactgttgtgataacctgttttctt < 1:97046‑M1/91‑42 (MQ=255) gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt > 2:2716736/1‑91 (MQ=255) gCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTAtt > 2:1928758/1‑91 (MQ=255) cTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATCACCTGTTTTTAttt < 2:1314936/91‑1 (MQ=255) cagCAGTTGTATCAACGTATAAATAAGAAGCAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATTACCTGTTCTTATTTGTTTAt < 2:3244533/89‑1 (MQ=255) cTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTAt < 1:503558/91‑1 (MQ=255) tGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATg > 1:2652703/1‑91 (MQ=255) 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taaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCataacctgtttttatttgtttatactttgatacaactgcagc < 1:1952726‑M2/91‑43 (MQ=255) aataatAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTCATATTAg > 2:3514533/1‑91 (MQ=255) ataataAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTatt > 2:1651602/1‑89 (MQ=255) taataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTc < 1:40937/91‑1 (MQ=255) taataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTc > 2:3926420/1‑91 (MQ=255) aataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATGACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCa > 1:3136568/1‑91 (MQ=255) ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt < 1:2824508/91‑1 (MQ=255) ataaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAt > 2:652230/1‑91 (MQ=255) taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt > 2:2820653/1‑91 (MQ=255) taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt > 2:2354848/1‑91 (MQ=255) taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCAtt > 2:1701093/1‑91 (MQ=255) taaGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGCCAtt > 1:3291292/1‑91 (MQ=255) aGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTg < 1:2075398/91‑1 (MQ=255) AAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGATTTTATTTGTATATGGAATTATTGGGTAATATTAGTCTTTTGAt < 2:1516830‑M1/91‑1 (MQ=255) | TGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGAT > USA300TCH1516_ALE/407000‑407180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |