| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 422512 | 250 (1.230) | 14 (0.080) | 8/136 | NT | 6.1% | coding (581/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 422533 | 216 (1.250) | coding (602/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein | |||||
TGGTGGTAAATATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/422411‑422512‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcaaacttgtTCAATGTCATTAACACTTTTCACAAGTTTGAAAGTTACATTTTTTATATCGGCTGTATTAATTTTTACATTTTCCCTATCTTTTTGTAGC < USA300TCH1516_ALE/422533‑422444 TGGTGGTAAATATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACT > 1:3282912/1‑91TGGTGGTAAATATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACT < 2:1235034/91‑1TGGTGGTAAATATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACT > 1:692485/1‑91TGGTGGTAAATATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACT < 1:1354801/91‑1 GGTGGTAAATATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTT < 2:674822/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |