| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 422512 | 250 (1.230) | 14 (0.080) | 8/136 | NT | 6.1% | coding (581/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 422533 | 216 (1.250) | coding (602/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 414 total aligned reads displayed.
ATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTATC > USA300TCH1516_ALE/422422‑422602 | ataCATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGT < 2:1072802‑M1/91‑1 (MQ=255) taCATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTtgtg > 1:1549540/1‑91 (MQ=255) aCATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGa > 1:3002092/1‑91 (MQ=255) cATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGaa > 2:2635860/1‑91 (MQ=255) agTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAgtgt < 1:1877389/91‑1 (MQ=255) gTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTGATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGtt < 1:3611866/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |