New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 422512 | 250 (1.230) | 14 (0.080) | 8/136 | NT | 6.1% | coding (581/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 422533 | 216 (1.250) | coding (602/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
AGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTATCTAAAGGTGCCTAGCTTTCTTT > USA300TCH1516_ALE/422443‑422623 | agCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGa < 1:35830/91‑1 (MQ=255) agCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGa < 2:3222140/91‑1 (MQ=255) gCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAa < 1:237449‑M2/91‑2 (MQ=255) gCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAa < 1:1698108‑M2/91‑2 (MQ=255) cTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAac < 1:2830175‑M2/91‑3 (MQ=255) cTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAac > 2:2778780‑M2/1‑89 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |