| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 494152 = | 141 (0.690) | 12 (0.070) | 6/142 | NT | 8.9% | intergenic (+101/+68) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 494194 = | 120 (0.660) | intergenic (+143/+26) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/494250‑494152‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggtcgcttAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAATC > USA300TCH1516_ALE/494194‑494283 ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTA < 1:2746222/91‑1ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTA < 2:2418978/91‑1ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTA < 2:285069/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:2829782/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 1:3635214/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:1193289/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:2734742/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:2830143/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:967052/91‑1 CAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAG < 2:979035/91‑1 AGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGG > 1:797114/1‑91 gctCAAAAATGATGAGGCTAGCAATTAATAGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGT < 2:567421/88‑1 GCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGT < 1:2209680/91‑1 GCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGT < 2:2312274/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 2:3593488/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 2:3952692/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 1:911512/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 2:3952728/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 2:527796/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC > 2:1466360/1‑91 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 2:1440002/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 1:1223431/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC < 1:911171/91‑1 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC > 1:14548/1‑91 CGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTC > 1:2024922/1‑91 CAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTTACTAGGTCGC < 1:2610759/91‑1 AAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCT < 2:3212725/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT > 2:167672/1‑91 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 1:2612963/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 2:2453651/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 1:809883/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 1:809858/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 2:3262965/91‑1 AAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT < 2:518647/91‑1 AGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTT > 1:443561/1‑91 GACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTCAACTTAAGTTATACTGCTAGTTGCGATCAATTGATAGACTCATCATTCTTGCG > 1:3677049/1‑91 CCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCT > 1:2360184/1‑91 CCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCT > 1:2980789/1‑91 CCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCT > 1:2980676/1‑91 CTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTG > 1:564258/1‑91 CTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTG > 1:3810427/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 1:1360453/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 1:3412645/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 1:3898876/1‑91 TGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCG > 1:3898890/1‑91 GGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGA > 1:141799/1‑91 AGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGTTCTTTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATG > 2:2216290/1‑91 AGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATG < 1:2026644/91‑1 AGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATG > 1:3609647/1‑91 GGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGC > 2:2731325/1‑91 GGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGC > 1:3056998/1‑91 GGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGC > 2:1172678/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT < 2:2584144/91‑1 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT > 2:2034974/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT > 1:1433881/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT > 1:1434458/1‑91 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT < 2:3028100/91‑1 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT < 2:2610874/91‑1 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT < 2:2610816/91‑1 CGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAACGCCGT > 1:3683356/1‑91 CGCTTAACTTAAGGTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGT < 2:2129317/91‑1 GCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTA < 1:3299401/91‑1 GCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTA > 1:1968343/1‑91 GCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTA < 1:2740439/91‑1 CTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATGATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA > 1:3135691/1‑91 CTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA > 2:1500705/1‑91 CTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA > 2:918936/1‑91 CTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA > 2:2565187/1‑91 CTTAACTTAAGTTATAGTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAA < 2:3784488/91‑1 TTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAAT > 1:2049103/1‑91 TTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAAT > 1:2922223/1‑91 TAACTTAAGTTATATTACTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAATC < 2:3041395/91‑1 ACAGCGCAAAAATGATGAGTCTATCAATTAATCGCAACTAGCAATATAACTTAAGTTAAGCGACCTGTGGATATATGTCAATTGTTCACTAGGTCGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/494250‑494152‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggtcgcttAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGTCGAGATGGTCTTTTTATTAAAAATGCCGTAATC > USA300TCH1516_ALE/494194‑494283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |