| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 494152 = | 141 (0.690) | 12 (0.070) | 6/142 | NT | 8.9% | intergenic (+101/+68) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 494194 = | 120 (0.660) | intergenic (+143/+26) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
AAAGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTT > USA300TCH1516_ALE/494062‑494242 | gattacggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagtaatataacttaagtta < 2:3041395‑M1/1‑1 (MQ=255)aaaGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAA > 2:1283095‑M1/1‑91 (MQ=255) attacggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttaa > 1:2922223‑M1/90‑91 (MQ=255) attacggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttaa > 1:2049103‑M1/90‑91 (MQ=255) ttacggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcactataacttaagttaag < 2:3784488‑M1/3‑1 (MQ=255) ttacggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttaag > 2:1500705‑M1/89‑91 (MQ=255) aGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAG < 1:625446‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAG < 1:51517‑M1/91‑1 (MQ=255) acggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCg < 2:2610874‑M1/5‑1 (MQ=255) acggcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCg > 1:1434458‑M1/87‑91 (MQ=255) aTCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGGTGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGA < 2:1054050‑M1/91‑1 (MQ=255) aTCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGA < 1:1121457‑M1/91‑1 (MQ=255) gcatttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGAcc > 2:1172678‑M1/84‑91 (MQ=255) catttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCt > 1:3609647‑M1/83‑91 (MQ=255) ttACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTa < 2:17678/91‑1 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg > 1:82795/1‑91 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg < 2:763521/91‑1 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg > 2:3235427/1‑91 (MQ=255) tCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGa < 1:1974373/91‑1 (MQ=255) cATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGaa < 1:1285619/91‑1 (MQ=255) aTCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAAc > 1:1535889/1‑91 (MQ=255) tcgtcgACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACa > 2:1947440/1‑91 (MQ=255) cgACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTg < 2:1119492/91‑1 (MQ=255) cgACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTg > 1:3405200/1‑91 (MQ=255) cgACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTg > 1:2138995/1‑91 (MQ=255) aCCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGAc > 1:2733233/1‑91 (MQ=255) ccACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACa > 2:2953555/1‑91 (MQ=255) cacaACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACat > 2:849156/1‑91 (MQ=255) caacaaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATACATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatat > 1:3335994/1‑91 (MQ=255) atagttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACTATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatatat < 2:283758/87‑1 (MQ=255) acaaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatatat > 2:210683/1‑91 (MQ=255) tcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc > 1:141799‑M1/61‑91 (MQ=255) aaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACACTTTACTATAGTAAAACGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc > 2:2118207/1‑91 (MQ=255) aaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc < 1:1474235/91‑1 (MQ=255) aaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc < 1:892107/91‑1 (MQ=255) cgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca > 1:3898890‑M1/60‑91 (MQ=255) aTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGGTCATCGGACAAATTACTAAAGTAAGAAGCAACCTAGTGAACAATTGACATATATCca < 2:3881303/91‑1 (MQ=255) aTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcac < 2:330657‑M1/91‑24 (MQ=255) ttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcact < 1:2966189‑M1/91‑25 (MQ=255) ttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcact < 1:413423‑M1/91‑25 (MQ=255) ttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCcac < 2:298257/91‑1 (MQ=255) tAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACa < 2:1888729‑M2/91‑2 (MQ=255) tAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACa < 2:2498744‑M2/91‑2 (MQ=255) cagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAg > 1:3810427‑M1/57‑91 (MQ=255) cagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAg > 1:564258‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactag < 1:2264550‑M1/91‑27 (MQ=255) aaTGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACag < 1:3679582‑M2/91‑3 (MQ=255) agcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAgg > 1:2360184‑M1/56‑91 (MQ=255) agcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAgg > 1:2980789‑M1/56‑91 (MQ=255) tgatgaATTAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggt < 1:3054149‑M1/91‑29 (MQ=255) tgatgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggt < 1:2666927‑M1/91‑29 (MQ=255) gatgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtc > 1:1835747‑M2/1‑86 (MQ=255) atgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcg > 2:441877‑M2/1‑85 (MQ=255) tgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcgc < 2:1646505‑M2/91‑8 (MQ=255) gaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcgct < 1:1313434‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcgctt > 2:926312‑M2/1‑82 (MQ=255) aaTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcgctt > 2:1416168‑M2/1‑82 (MQ=255) aTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGctta < 2:1866534/91‑1 (MQ=255) tAAAGGTGCTTTTTTTTTTATATTATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaa > 2:3694960/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaac > 1:1012875/1‑91 (MQ=255) aGGTGGTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactt < 2:3210461/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactta > 2:2146686/1‑91 (MQ=255) gTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaacttaa > 1:3436328/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAg < 1:1761927/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAg < 2:2248681/91‑1 (MQ=255) ttGTTATAGAGCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTatat < 2:404402/91‑1 (MQ=255) tGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATACTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATAtt < 1:3174860/91‑1 (MQ=255) gTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTg > 2:3450698/1‑91 (MQ=255) ttATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGc < 2:2565335/91‑1 (MQ=255) ttATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGc < 1:3878830/91‑1 (MQ=255) tataGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCt > 2:2510808/1‑91 (MQ=255) taGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAg > 1:709032/1‑91 (MQ=255) taGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAg > 1:1638994/1‑91 (MQ=255) taGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAg > 1:364944/1‑91 (MQ=255) atcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTg < 2:2055982/91‑1 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGc < 2:1185344/91‑1 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGc < 1:2642618/91‑1 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGc < 1:3217144/91‑1 (MQ=255) catcGGACAATTTACTATAGTAAACAGCGACCTAGCGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCg < 2:3105366/91‑1 (MQ=255) catcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCg < 1:2179121/91‑1 (MQ=255) atcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGa < 2:2638770/91‑1 (MQ=255) tcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGAt < 1:3714914/91‑1 (MQ=255) ggACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTa > 1:2802085/1‑91 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt > 2:2938566/1‑91 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATAAAt < 2:346292/91‑1 (MQ=255) cAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAtt > 1:650557/1‑91 (MQ=255) aTTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGa > 2:2739935/1‑91 (MQ=255) tttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGAt < 2:1981570/91‑1 (MQ=255) tttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGAt < 2:2698002/91‑1 (MQ=255) aCTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGGCATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGa < 2:2156597/91‑1 (MQ=255) cTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGAc > 1:3621500/1‑91 (MQ=255) tataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACt > 1:3471979/1‑91 (MQ=255) aGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtcat < 1:3083571/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtcatc > 1:2497017/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtcatc > 2:2280372/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTcatcat > 2:1575612/1‑91 (MQ=255) aaGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgatgatctataacaaaaagcacctttatt > 2:1541796‑M1/1‑9 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 1:809858‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 2:2453651‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 2:518647‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAAGCATCTTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTT > USA300TCH1516_ALE/494062‑494242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |