| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 523897 = | 126 (0.620) | 11 (0.070) | 8/130 | NT | 9.1% | coding (308/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 523942 = | 117 (0.710) | coding (353/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase | |||||
TCTTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATACTTTAGTAACGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/524001‑523897‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atactttagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACTTG > USA300TCH1516_ALE/523942‑524031 TCTTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAA > 1:573149/1‑91TCTTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAA > 2:2151837/1‑91 CTTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAAT < 1:2082496/91‑1 CTTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAAT < 1:1805490/91‑1 TTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATA > 1:3694795/1‑91 TTATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATA > 1:2606069/1‑91 TATGTGCTTCTTTTTGTTGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTGAATAC > 2:3651266/1‑91 TATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATAC > 2:607400/1‑91 TATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATAC < 1:2286355/91‑1 TATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATAC > 1:2140701/1‑91 TATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATAC > 1:854890/1‑91 ATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACAGGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATACT > 1:3505668/1‑91 ATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATACT > 1:3505483/1‑91 ATGTGCTTCTTTTTGATGTTGGTGTTGCTGATTCTCTTTAAAATAAGGCGGATTACACGTTACTAAAGTATATTGTGAAGGTTTAAATACT > 1:2476065/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |