New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 523897 = | 126 (0.620) | 11 (0.070) | 8/130 | NT | 9.1% | coding (308/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 523942 = | 117 (0.710) | coding (353/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACTTGA > USA300TCH1516_ALE/523852‑524032 | atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:661207/1‑91 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg < 1:632332/91‑1 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 2:2191166/1‑91 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg < 1:1841604/91‑1 (MQ=255) gatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTa < 2:2107145/91‑1 (MQ=255) tgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAAt < 1:37072/91‑1 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 1:376720/91‑1 (MQ=255) ttaaTTTTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAATCCTTCACTATATACTTTAGTGACTTGTAATCCGCCt < 1:1903746/89‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGTATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAGCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:600159/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt > 1:3099010/1‑91 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:2620020/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCAAATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:1683376/91‑1 (MQ=255) tgaATATGTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:3507001/91‑1 (MQ=255) gaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCtt > 1:486983/1‑91 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt < 2:1222311/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt > 1:2639327/1‑91 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa > 2:1385758/1‑91 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 2:1552079/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 2:2045442/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 1:2211039/91‑1 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag < 2:2533536/91‑1 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag > 2:3410560/1‑91 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag > 2:2858233/1‑91 (MQ=255) cAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAaga > 1:2076395/1‑91 (MQ=255) cAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAaga > 2:1836991/1‑91 (MQ=255) aaTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAagag < 2:3703798/91‑1 (MQ=255) aaTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAagag < 1:534092/91‑1 (MQ=255) aaTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAagag > 2:3216180/1‑91 (MQ=255) aaTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTACACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAagag > 2:3845699/1‑91 (MQ=255) aTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAgaga < 1:2395594/91‑1 (MQ=255) 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aTGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAac < 2:1796007/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCa < 1:2537042/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCa > 1:2716970/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAAc < 2:2306600/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTCCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGAAACACCAAc < 2:2631587/91‑1 (MQ=255) gAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACAt < 1:2084090/91‑1 (MQ=255) aaaaCGTTACTAGAGTATTTGAACCTTCACAATATACTTTATTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGTGAATTAGCAACACCAACATCa < 2:1715306/91‑1 (MQ=255) aaaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaa < 1:85558/91‑1 (MQ=255) aaaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaa > 2:61312/1‑91 (MQ=255) aaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaa > 2:444225/1‑91 (MQ=255) ACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa < 2:2853012‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa < 1:686927‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaaa > 2:710465‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaaa > 1:2050865‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaaa < 1:3250034‑M1/91‑1 (MQ=255) TTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaaga > 1:3396891‑M1/1‑91 (MQ=255) TACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaa < 1:919247‑M1/91‑1 (MQ=255) actaaagtatattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACCTCAAAaagaag > 1:3580110‑M2/41‑91 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:10208‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:1069856‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATCTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:178871‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGca > 2:2688731‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGca < 2:3341065‑M1/91‑1 (MQ=255) aaagtatattgtgaaggtttaaatactttggtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcac > 1:1812927‑M2/38‑91 (MQ=255) 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attgtgaaggtttaaatactttagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGAt > 2:1037265‑M2/31‑91 (MQ=255) tAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATa > 2:1967143/1‑91 (MQ=255) tAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATa > 1:2975641/1‑91 (MQ=255) tAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATa > 2:2395476/1‑91 (MQ=255) gtgaaggtttaaatactttagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGc > 1:2857882‑M2/28‑91 (MQ=255) aaCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGc > 2:3596557/1‑91 (MQ=255) aaCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGc < 1:3843432/91‑1 (MQ=255) aaCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGc > 1:2928223/1‑91 (MQ=255) 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aaTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATga < 2:3868023/91‑1 (MQ=255) tataCTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATgaga < 1:3645826/91‑1 (MQ=255) tactttagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGAtt > 2:1583291‑M2/15‑91 (MQ=255) actttagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTa > 1:1114585‑M2/14‑91 (MQ=255) tagtaacgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTAtgtg > 1:85046‑M2/10‑91 (MQ=255) acgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTacac > 1:1750266‑M2/5‑91 (MQ=255) acgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTacac > 2:2382596‑M2/5‑91 (MQ=255) cgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACt < 2:145133‑M2/88‑1 (MQ=255) cgtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACt < 1:3933948‑M2/88‑1 (MQ=255) gtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACtt < 1:1733498‑M2/89‑1 (MQ=255) gtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACtt < 1:1615058‑M2/89‑1 (MQ=255) gtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACtt > 2:319462‑M2/3‑91 (MQ=255) gtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACtt > 1:2335678‑M2/3‑91 (MQ=255) gtGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACtt < 2:2159920‑M2/89‑1 (MQ=255) | ATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGATTATGTGTACACTTGA > USA300TCH1516_ALE/523852‑524032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |