| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 523897 = | 126 (0.620) | 11 (0.070) | 8/130 | NT | 9.1% | coding (308/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 523942 = | 117 (0.710) | coding (353/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase | |||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TCAAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAA > USA300TCH1516_ALE/523808‑523987 | aagtgtacacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacac < 1:1733498‑M1/2‑1 (MQ=255)aagtgtacacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacac < 1:1615110‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgtacacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGt < 2:578003‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaaaaCACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:2062585‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:2430620‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 1:242581‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:3087777‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaCACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTA > 1:2938191‑M1/1‑91 (MQ=255) acacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACt > 2:48024‑M1/84‑91 (MQ=255) acacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACt < 1:1341934‑M1/8‑1 (MQ=255) aaCACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACT > 2:3708431‑M1/1‑91 (MQ=255) cacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTa > 1:85046‑M1/83‑91 (MQ=255) cacataatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTa < 2:124449‑M1/9‑1 (MQ=255) cacTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAA > 2:3232073‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAG < 1:1467431‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAG < 1:391994‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAG > 2:2796243‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGT > 2:1733498‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGT > 2:626644‑M1/1‑91 (MQ=255) taatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGt > 1:3255137‑M1/79‑91 (MQ=255) taatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGt > 1:1114585‑M1/79‑91 (MQ=255) tGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTA > 1:2316819‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTA < 1:2699320‑M1/91‑1 (MQ=255) aatctcatgtctcgctatcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTa > 2:1583291‑M1/78‑91 (MQ=255) gATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTa < 1:1120619/91‑1 (MQ=255) tatGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTaaa > 1:2125332/1‑91 (MQ=255) atGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAAc < 2:2749830/91‑1 (MQ=255) atGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAAc < 2:41814/91‑1 (MQ=255) tGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAAcc > 2:2977803/1‑91 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac < 2:3390011/91‑1 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac < 2:800649/91‑1 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac > 1:119651/1‑91 (MQ=255) cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTGAACCTTCACAat < 1:3034876/91‑1 (MQ=255) cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 2:111711/91‑1 (MQ=255) atcttatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat > 2:1037265‑M1/62‑91 (MQ=255) gCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATa < 1:1767251‑M2/91‑2 (MQ=255) cacaTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATat < 1:2230781‑M2/91‑3 (MQ=255) acaTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATata < 2:1108078‑M2/91‑4 (MQ=255) acaTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATata < 2:1813957‑M2/91‑4 (MQ=255) tatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATAc > 2:1532892‑M1/58‑91 (MQ=255) tatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATAc > 1:3798226‑M1/58‑91 (MQ=255) caTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatac < 1:712133‑M1/91‑20 (MQ=255) atgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACt > 1:608443‑M1/57‑91 (MQ=255) aTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatact > 2:351533‑M2/1‑86 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt > 1:2766840‑M2/1‑85 (MQ=255) tgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACtt > 1:670406‑M1/56‑91 (MQ=255) ttcaattcaaTGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatacttt > 1:1824998‑M2/1‑84 (MQ=255) gtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACCAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACttt > 1:1812927‑M1/55‑91 (MQ=255) caattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttag < 2:2331150‑M1/91‑25 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagt < 1:2809765‑M2/91‑11 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagt < 2:1686978‑M2/91‑11 (MQ=255) attcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagta < 2:1858499‑M2/91‑12 (MQ=255) attcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagta < 2:1765371‑M2/91‑12 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa > 1:1881231‑M2/1‑79 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac < 1:1556325‑M2/91‑14 (MQ=255) caatGATGTTGATCAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGTAAAACGTTACTAAATTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacg > 1:3958289‑M2/1‑77 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:1998913/1‑91 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg < 1:632332/91‑1 (MQ=255) gatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTa < 2:2107145/91‑1 (MQ=255) tgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAAt < 1:37072/91‑1 (MQ=255) ttaaTTTTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAATCCTTCACTATATACTTTAGTGACTTGTAATCCGCCt < 1:1903746/89‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGTATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAGCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:600159/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:2620020/91‑1 (MQ=255) gaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCtt > 1:486983/1‑91 (MQ=255) aaTATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTa > 2:2936159/1‑91 (MQ=255) tatTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtt > 1:1684555/1‑91 (MQ=255) tatTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtt < 1:2528354/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt > 1:2639327/1‑91 (MQ=255) tttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtttt > 2:2259381/1‑91 (MQ=255) tttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtttt < 1:923128/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |