| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 523911 | 133 (0.650) | 7 (0.040) | 5/130 | NT | 5.9% | coding (322/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 523926 | 117 (0.710) | coding (337/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase | |||||
CAAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/523809‑523911‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgttactaaagtatATTGTGAAGGTTTAAATACTTTAGTAACGTTTTTCAAATCCATGTGATGCATTGTTAAATATTCATCAACATCATTGAATTGAAATGTGC < USA300TCH1516_ALE/523926‑523837 CAAAAAACACTAGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATCATGTTGATGAATATTTACCAATGCATCACATGAATTTGAAAAACG > 2:2371107/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 1:2641087/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 1:242581/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT < 2:3821294/91‑1 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 1:1708935/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:2062585/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:2430620/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:3087748/1‑91 AAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGT > 2:3087777/1‑91 AAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTA > 1:2938191/1‑91 AAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTA > 2:797616/1‑91 AAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTAC < 2:441256/91‑1 AAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTAC > 1:612212/1‑91 AACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACT > 2:3707995/1‑91 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TATTGTGAAGGTTTAAATACTTTAGTAACGTTTTTCAAATCCATGTGATGCATTGTTAAATATTCATCAACATCATTGAATTGAAATGTGC > 1:49516/1‑91 CAAAAAACACTTGTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/523809‑523911‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgttactaaagtatATTGTGAAGGTTTAAATACTTTAGTAACGTTTTTCAAATCCATGTGATGCATTGTTAAATATTCATCAACATCATTGAATTGAAATGTGC < USA300TCH1516_ALE/523926‑523837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |