| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 523911 | 133 (0.650) | 7 (0.040) | 5/130 | NT | 5.9% | coding (322/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 523926 | 117 (0.710) | coding (337/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase | |||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGA > USA300TCH1516_ALE/523836‑524016 | cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTGAACCTTCACAat < 1:3034876/91‑1 (MQ=255)cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 2:111710/91‑1 (MQ=255)cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 2:2082840/91‑1 (MQ=255)cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 1:2260683/91‑1 (MQ=255) gCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATa > 1:49516‑M2/1‑90 (MQ=255) gCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATa < 1:1767251‑M2/91‑2 (MQ=255) tatgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATAc > 2:1532892‑M1/58‑91 (MQ=255) atgtgcttctttttgatgttggtgttgctgattctctttaaaataaggcggattacACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACt > 1:608443‑M1/57‑91 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt > 1:2766731‑M2/1‑85 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt > 1:2766870‑M2/1‑85 (MQ=255) ttcaattcaaTGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatacttt > 1:1824998‑M2/1‑84 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagt > 1:1875753‑M2/1‑81 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagt < 2:1687248‑M2/91‑11 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCAAAATatactttagt > 1:3196424‑M2/1‑81 (MQ=255) attcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagta < 2:1765371‑M2/91‑12 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATACATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa > 2:1738962‑M2/1‑79 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac > 1:945650‑M2/1‑78 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac < 1:1556314‑M2/91‑14 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac < 1:3824781‑M2/91‑14 (MQ=255) aatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacgt > 1:2663277‑M2/1‑76 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:1998913/1‑91 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:661207/1‑91 (MQ=255) tgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtgt < 2:1408567/91‑1 (MQ=255) tgTTGATGAATATTAAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAAt > 2:3361225/1‑91 (MQ=255) ttGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATcc > 2:2760252/1‑91 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 2:1067463/91‑1 (MQ=255) ttaaTTTTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAATCCTTCACTATATACTTTAGTGACTTGTAATCCGCCt < 1:1903746/89‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:2620020/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCAAATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:1683376/91‑1 (MQ=255) tatTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtt < 1:2528354/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt > 1:2639327/1‑91 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt < 2:1222311/91‑1 (MQ=255) tttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtttt < 1:3247822/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 2:1552079/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 1:2211039/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 2:2045442/91‑1 (MQ=255) aaCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTaaa < 1:3496338/91‑1 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag < 2:2533536/91‑1 (MQ=255) 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TACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaa < 1:919247‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:1069856‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 2:347582‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:10208‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATCTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:178871‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcac > 1:3325430‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcac > 1:3273998‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaa < 2:580081‑M2/91‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |