| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 523911 | 133 (0.650) | 7 (0.040) | 5/130 | NT | 5.9% | coding (322/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 523926 | 117 (0.710) | coding (337/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGA > USA300TCH1516_ALE/523821‑524001 | gTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTAT < 2:2963956‑M1/91‑1 (MQ=255)gTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTAT > 1:2008984‑M1/1‑91 (MQ=255)gTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTAT < 2:2735142‑M1/91‑1 (MQ=255) cGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTAttt > 1:738383/1‑91 (MQ=255) gATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTa < 1:1120619/91‑1 (MQ=255) atatGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTaa > 2:494040/1‑91 (MQ=255) tatGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTaaa > 1:2125332/1‑91 (MQ=255) tatGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTaaa > 1:540107/1‑91 (MQ=255) tGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAAcc > 2:2977876/1‑91 (MQ=255) ggCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCt < 1:1660072/91‑1 (MQ=255) gcgcGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCtt > 2:2511043/1‑91 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac < 2:3390011/91‑1 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac > 1:119651/1‑91 (MQ=255) cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 1:2260683/91‑1 (MQ=255) cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 2:111710/91‑1 (MQ=255) cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 2:2082840/91‑1 (MQ=255) cGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAat < 1:531505/91‑1 (MQ=255) acaTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATata < 2:1813957‑M2/91‑4 (MQ=255) acaTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATata < 1:2707541‑M2/91‑4 (MQ=255) caTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatac < 1:712133‑M1/91‑20 (MQ=255) aTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatact > 2:351533‑M2/1‑86 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt > 1:2766870‑M2/1‑85 (MQ=255) tcaattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatacttta < 1:124613‑M2/91‑9 (MQ=255) caattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttag < 2:2331150‑M1/91‑25 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagt < 2:1687325‑M2/91‑11 (MQ=255) aattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCAAAATatactttagt > 1:3196424‑M2/1‑81 (MQ=255) attcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagta < 2:1765371‑M2/91‑12 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa > 1:1881231‑M2/1‑79 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATACATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa > 2:1738970‑M2/1‑79 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac < 2:117826‑M2/91‑14 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac < 1:3824781‑M2/91‑14 (MQ=255) tcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaac < 1:1556325‑M2/91‑14 (MQ=255) caatGATGTTGATCAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGTAAAACGTTACTAAATTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacg > 1:3958289‑M2/1‑77 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg < 1:632332/91‑1 (MQ=255) tgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtgt < 2:1408567/91‑1 (MQ=255) tgatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAACCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCg < 1:3390104/91‑1 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 2:1067463/91‑1 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 1:376720/91‑1 (MQ=255) ttaaTTTTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAATCCTTCACTATATACTTTAGTGACTTGTAATCCGCCt < 1:1903746/89‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGTATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAGCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:600159/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt > 1:3099010/1‑91 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:262510/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:2620020/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCAAATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 2:1683376/91‑1 (MQ=255) gaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCtt > 1:486983/1‑91 (MQ=255) tatTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtt < 1:2528354/91‑1 (MQ=255) tttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtttt < 1:923128/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 2:1552079/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 2:2448777/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa < 1:2211039/91‑1 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTGAAACCTTCACACTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag > 1:1747510/1‑91 (MQ=255) aaTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAagag > 2:3216180/1‑91 (MQ=255) aaTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAagag < 2:3703798/91‑1 (MQ=255) tGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGaa > 2:216498/1‑91 (MQ=255) gCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAAt < 2:2012356/91‑1 (MQ=255) cATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATc < 2:2874164/91‑1 (MQ=255) tCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAg < 1:3626764/91‑1 (MQ=255) cacaTGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGc < 2:3769960/91‑1 (MQ=255) acaTGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCa > 1:2585364/1‑91 (MQ=255) caTGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATGAGCaa > 2:3636495/1‑91 (MQ=255) caTGAATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCaa > 2:1261828/1‑91 (MQ=255) gtGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAac < 2:3914787/90‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCa < 1:845350/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCa > 2:1963889/1‑91 (MQ=255) tttGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCaa > 1:2923820/1‑91 (MQ=255) aaaaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCa < 1:2860447/91‑1 (MQ=255) aaaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaa < 1:85558/91‑1 (MQ=255) aaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaa > 2:444225/1‑91 (MQ=255) aCGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcatt > 1:2663277‑M1/1‑15 (MQ=255) ACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa < 1:686927‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa < 2:2853012‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa > 2:2258698‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaaa > 2:710465‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattga < 1:1556314‑M1/91‑79 (MQ=255) ttACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgtattgttaaatattcatcaacatcattgaa > 2:1738962‑M1/1‑12 (MQ=255) tACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaat > 1:2364881‑M1/1‑11 (MQ=255) tACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaat < 2:1858499‑M1/91‑81 (MQ=255) aCTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaatt < 1:2809765‑M1/91‑82 (MQ=255) aCTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaatt > 1:1875753‑M1/1‑10 (MQ=255) aCTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaatt < 2:1687248‑M1/91‑82 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:10208‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 2:347582‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:1069856‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATCTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag < 1:178871‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaa > 1:1824998‑M1/1‑7 (MQ=255) AAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcac > 1:3273998‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcac > 1:3325410‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaa > 2:932836‑M1/1‑6 (MQ=255) aaGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaa > 1:2766840‑M1/1‑6 (MQ=255) aaGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaa > 1:2766731‑M1/1‑6 (MQ=255) AAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcaca > 2:2623725‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACAt > 1:3505483‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACAt > 1:2476065‑M1/1‑91 (MQ=255) gTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaatg > 1:1739980‑M1/1‑4 (MQ=255) tatattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaatgt < 1:961233‑M1/91‑89 (MQ=255) TATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATaa > 1:3694795‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAg < 1:2082496‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAg < 1:1805490‑M1/91‑1 (MQ=255) tattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaatgtgc < 1:1767251‑M1/91‑91 (MQ=255) TTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGa > 1:573149‑M1/1‑91 (MQ=255) | GTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGA > USA300TCH1516_ALE/523821‑524001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |