| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 549463 = | 215 (1.060) | 21 (0.130) | 10/130 | NT | 12.1% | intergenic (+13/‑216) | ftsH/hslO | ATP‑dependent zinc metalloprotease FtsH/33 kDa chaperonin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 549502 = | 130 (0.790) | intergenic (+52/‑177) | ftsH/hslO | ATP‑dependent zinc metalloprotease FtsH/33 kDa chaperonin | |||||
ACAATTATTTTCTGCTATAACAATTCAACGACTTAAAATCTAATACGTATTTTCAAAAACGATAAAAGTACCTCTTTCTATAACTTTA‑TCATAGAAAGAGGTACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/549567‑549463‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagaaagaggtactTTTATCGTTTTTGAAAATACGTATTAGATTTTAAGTCGTTGAATTGTTATAGCAGAAAATAATTGTAAAACAAGTTACTTCATTATTTAG > USA300TCH1516_ALE/549502‑549591 ACAATTATTTTCTGCTATAACACTTCAACGACTTAAAATCTAATACGTATTTTCAAAAACGATAAAAGTACCTCTTTCTATAACTTTA‑TCA > 1:3865597/1‑91ACAATTATTTTCTGCTATAACAATTCAACGACTTAAAATCTAATACGTATTTTCAAAAACGATAAAAGTACCTCTTTCTATAACTTTA‑TCA > 1:3865431/1‑91ACAATTATTTTCTGCTATAACAATTCAACGACTTAAAATCTAATACGTATTTTCAAAAACGATAAAAGTACCTCTTTCTATAACTTTA‑TCA > 1:3193676/1‑91ACAATTATTTTCTGCTATAACAATTCAACGACTTAAAATCTAATACGTATTTTCAAAAACGATAAAAGTACCTCTTTCTATAACTTTA‑TCA < 1:953280/91‑1ACAATTATTTTCTGCTATAACAATTCAACGACTTAAAATCTAATACGTATTTTCAAAAACGATAAAAGTACCTCTTTCTATAACTTTA‑TCA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |