| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 580739 = | 140 (0.690) | 16 (0.100) | 8/130 | NT | 11.7% | intergenic (+33/‑48) | USA300HOU_RS02805/sigH | hypothetical protein/RNA polymerase sigma‑H factor |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 580788 = | 129 (0.780) | coding (2/570 nt) | sigH | RNA polymerase sigma‑H factor | |||||
ATTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/580843‑580739‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggttagtttaatattTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGATCTAC > USA300TCH1516_ALE/580788‑580877 ATTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAG > 2:2450436/1‑91ATTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAG > 2:2450418/1‑91 TTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGG < 1:2657137/91‑1 TTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGG > 1:3489793/1‑91 TTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGG > 1:3815441/1‑91 TTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGG < 1:704296/91‑1 TTTATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGG < 1:1077275/91‑1 TTACTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGT < 1:3553849/91‑1 TATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTT > 2:2126786/1‑91 TATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTT > 2:2126796/1‑91 TATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTT > 2:1818248/1‑91 TATTGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTT > 2:1692105/1‑91 TGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGT > 1:2674259/1‑91 TGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGT > 1:877299/1‑91 TGCATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGT > 2:2332402/1‑91 CATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTT < 1:468727/91‑1 CATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTT < 1:798881/91‑1 CATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTT < 2:3752155/91‑1 CATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTT < 1:911386/91‑1 ATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTA < 2:1712688/91‑1 ATTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTA > 1:502706/1‑91 ATTGTTACGTTTGAGTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAGCCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTga < 2:546260/91‑3 TTGTTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAA > 1:2548027/1‑91 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TTAGGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT < 1:3064719/91‑1 TTAGGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT < 1:3064902/91‑1 TTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT < 1:1970761/91‑1 TTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT > 1:2685793/1‑91 TTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT < 1:2492823/91‑1 TTACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT < 1:2492824/91‑1 TTACGTTCGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATAT < 1:1970772/91‑1 TACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATT > 1:3038075/1‑91 TACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATT < 1:3077094/91‑1 TACGTTTGATTGTACTGTCTTGAGTTGTCAAATCGTATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATT > 2:3889890/1‑91 TATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAATTCAAGACAGTACAATC > 2:3041195/1‑91 TATTTCAAATATTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGCTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATC > 2:3042850/1‑91 TTAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAA > 1:139765/1‑91 TAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAAg > 2:3927729/1‑90 TAAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAAT > 1:2791433/1‑91 AAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTTAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATG > 2:826986/1‑91 AAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATG > 1:3039504/1‑91 AAACTAACCCCTTCTATCTAAAATTTAAGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATG > 1:2045403/1‑91 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AATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGA < 2:1918992/91‑1 ATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTCGTAATGGAT > 1:3781236/1‑91 ATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGAT > 2:1079720/1‑91 ATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGAT > 2:1079877/1‑91 TATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGATC < 1:3655341/91‑1 TATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGATC > 1:442498/1‑91 TATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGATC < 1:769091/91‑1 TATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGATC < 2:3345463/91‑1 TATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATGCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAAGTTAGTAATGGATC > 1:1815921/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |