| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 580739 = | 140 (0.690) | 16 (0.100) | 8/130 | NT | 11.7% | intergenic (+33/‑48) | USA300HOU_RS02805/sigH | hypothetical protein/RNA polymerase sigma‑H factor |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 580788 = | 129 (0.780) | coding (2/570 nt) | sigH | RNA polymerase sigma‑H factor | |||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
ATCTTCTGAAATCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTA > USA300TCH1516_ALE/580649‑580829 | gtagatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaa < 2:1047505‑M1/1‑1 (MQ=255) tagatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaaa > 2:717840‑M1/90‑91 (MQ=255) agatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAat < 1:636438‑M1/3‑1 (MQ=255) agatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAat < 1:378170‑M1/3‑1 (MQ=255) ttctGAAATCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATA > 2:1908516‑M1/1‑91 (MQ=255) ttctGAAATCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCCTGAAATTTTGAATGTAACAATA > 2:3189486‑M1/1‑91 (MQ=255) ttctGAAATCCTTGCAGAATTAGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATA < 2:3653411‑M1/91‑1 (MQ=255) gatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAata < 1:3655341‑M1/4‑1 (MQ=255) gatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAata < 1:769091‑M1/4‑1 (MQ=255) gatccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAata > 1:1815921‑M1/88‑91 (MQ=255) atccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAatat > 2:1079877‑M1/87‑91 (MQ=255) ctGAAATCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACACTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATT > 2:3866967‑M1/1‑91 (MQ=255) ccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTa > 2:3487278‑M1/85‑91 (MQ=255) ccattactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTa < 1:1309558‑M1/7‑1 (MQ=255) aaaTCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAA < 2:2912874‑M1/91‑1 (MQ=255) ttactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgcgttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAAc < 2:1292823‑M1/10‑1 (MQ=255) ttactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAAc < 1:2877181‑M1/10‑1 (MQ=255) ttactaacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAAc > 2:2648912‑M1/82‑91 (MQ=255) aaTCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAAC > 1:1108302‑M1/1‑91 (MQ=255) aTCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACT > 1:3282775‑M1/1‑91 (MQ=255) ccTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAA > 2:1231668‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAAC > 1:909829‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACC < 1:3322175‑M1/91‑1 (MQ=255) aacttttcgaagtctttatcatttattgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAAcc > 2:853906‑M1/77‑91 (MQ=255) gCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACGATATTAAACTAACCtt > 2:3035091/1‑91 (MQ=255) aGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTaa < 1:2169852/91‑1 (MQ=255) aaTTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAAt > 1:3283454/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAAtt < 1:3444060/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAAtt > 1:1349796/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAAtttt > 1:3224517/1‑91 (MQ=255) tGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTta < 1:256428/91‑1 (MQ=255) tGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTta > 1:1901367/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtaga < 2:1951256/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtaga > 1:2509201/1‑91 (MQ=255) aaaaaTACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTtagat > 1:907638/1‑91 (MQ=255) aCGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAgg < 1:1985485/91‑1 (MQ=255) cGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGg < 2:252099‑M2/91‑2 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAGTTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg > 2:3482932‑M2/1‑89 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaagg < 2:1524486‑M1/91‑22 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg > 2:121356‑M2/1‑89 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGgg < 2:296391‑M2/91‑3 (MQ=255) gAAGAGGACATCATAAGAAAAGACATTTCCGTCATCTTGAAATTGTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTTAATTTTAGATAGAAgggg < 2:1771932/91‑1 (MQ=255) aaGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggt < 2:369373‑M1/91‑23 (MQ=255) aaGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggt < 1:771415‑M1/91‑23 (MQ=255) aaGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggt < 1:397743‑M2/91‑4 (MQ=255) ttgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAg > 1:28300‑M1/52‑91 (MQ=255) agGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttag < 1:2180858‑M1/91‑26 (MQ=255) agGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTGGAACTTTTGAATCTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttag < 1:3149935‑M2/91‑7 (MQ=255) tgcattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGt > 1:2648917‑M1/51‑91 (MQ=255) ggACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaatttaaggttagt < 1:3877923‑M1/91‑27 (MQ=255) ggACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagt > 1:354169‑M2/1‑84 (MQ=255) gACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtt > 1:1051412‑M2/1‑83 (MQ=255) gACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtt > 2:3355217‑M2/1‑83 (MQ=255) gACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtt > 1:1607484‑M2/1‑83 (MQ=255) cattgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGttt > 1:2114658‑M1/49‑91 (MQ=255) acggcatAAGAAAGGACATTTCCGTCATCGTGAAATTTTGGATGTAACAATATTAAACTAACCTAAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGgtt < 2:2243024/87‑1 (MQ=255) cttgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTa > 2:3927729‑M1/48‑91 (MQ=255) ttgttacgtttgattgtactgtcttgagttgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTaa > 1:139765‑M1/47‑91 (MQ=255) atcatAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCccttctatctaaaattttaggttagtttaa < 1:3036677‑M1/91‑31 (MQ=255) atcatAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTCGATAGAAGGggttagtttaa < 2:2387575‑M2/91‑12 (MQ=255) atcatAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaa > 1:2940779‑M2/1‑80 (MQ=255) tcatAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGggttagtttaat > 2:3264263‑M2/1‑79 (MQ=255) aaGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATAttt > 1:1909119/1‑91 (MQ=255) aGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTg > 2:1351128/1‑91 (MQ=255) aGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTg > 1:967506/1‑91 (MQ=255) aaaTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGaa > 2:2714265/1‑91 (MQ=255) aaaTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGaa < 1:2676569/91‑1 (MQ=255) aTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAAt > 1:2808312/1‑91 (MQ=255) aTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAAt < 2:1873785/91‑1 (MQ=255) aTGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAAt < 1:519326/91‑1 (MQ=255) tGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATa < 1:3605965/91‑1 (MQ=255) gattgtactgtcttgaattgtcaaatcgtatttcaAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATa > 2:3041195‑M1/36‑91 (MQ=255) gACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATAc > 1:1728181/1‑91 (MQ=255) aCATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACg < 1:1194414/91‑1 (MQ=255) aCATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACg < 1:2924468/91‑1 (MQ=255) aCATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACg > 1:2290232/1‑91 (MQ=255) cATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGa > 2:2077086/1‑91 (MQ=255) cATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGa > 1:481803/1‑91 (MQ=255) aTTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGAt < 2:2785180/91‑1 (MQ=255) aTTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGAt < 2:591130/91‑1 (MQ=255) tttCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGAtt > 2:2571928/1‑91 (MQ=255) cGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGAc < 2:182687/91‑1 (MQ=255) aTCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACt > 2:1133630/1‑91 (MQ=255) tCTTGAAAATTTGAATGTAACAATAATAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTc < 2:3431116/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGAc < 1:977647/91‑1 (MQ=255) ttttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGt < 2:77997/91‑1 (MQ=255) ttttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGt < 1:1648660/91‑1 (MQ=255) ttttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGt < 2:53751/91‑1 (MQ=255) tttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTa < 1:2073787/91‑1 (MQ=255) tttGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTa > 2:3952716/1‑91 (MQ=255) tGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACa > 2:1744433/1‑91 (MQ=255) tGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACa > 2:2201204/1‑91 (MQ=255) tGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACa < 1:2374544/91‑1 (MQ=255) tAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCaaa > 1:859098/1‑91 (MQ=255) aaCAATATTAAACTAAGCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAAc < 2:3786309/91‑1 (MQ=255) aaCAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAAc > 2:444757/1‑91 (MQ=255) aCAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACg < 1:167427/91‑1 (MQ=255) aCAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACg > 2:2869673/1‑91 (MQ=255) aCAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACg > 2:1997471/1‑91 (MQ=255) AATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTa < 1:3077094‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATCTTCTGAAATCCTTGCAGAATTTGAAAAAATACGAAGAGGACATCATAAGAAATGACATTTCCGTCATCTTGAAATTTTGAATGTAACAATATTAAACTAACCTTAAATTTTAGATAGAAGGGGTTAGTTTAATATTTGAAATACGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTA > USA300TCH1516_ALE/580649‑580829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |