| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 598632 = | 108 (0.530) | 10 (0.060) | 5/124 | NT | 9.3% | intergenic (+181/+101) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 598687 = | 112 (0.710) | intergenic (+236/+46) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP | |||||
AATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/598738‑598632‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actttgaagggagcatttCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/598687‑598776 AATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAAC > 2:64337/1‑91AATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACGAATAAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAAC < 2:1089442/91‑1 ATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAGACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACT < 1:3959693/91‑1 ATTAAGCATGTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGGAGACATTGAAAAAATGAAAACT < 2:294313/91‑1 TTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTT > 2:2817892/1‑91 TAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAGACTTT > 2:3648582/1‑91 AAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTcg > 2:3962848/1‑89 AAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTG > 2:1278892/1‑91 AAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAAGCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTG < 2:2231309/91‑1 AGCATTTTAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAAATAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGA > 2:3003697/1‑91 AGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGA < 1:1398435/91‑1 AGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGA < 2:529454/91‑1 GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAA > 2:1257063/1‑91 GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAA > 1:3752221/1‑91 CATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAG > 2:1972539/1‑91 CATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAG > 1:3923518/1‑91 CATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAG > 1:2728964/1‑91 ATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGG < 2:1980658/91‑1 ATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCGTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGG < 1:3464247/91‑1 TTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGG < 2:2888638/91‑1 TAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAG < 1:1623904/91‑1 AATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCA > 2:1575405/1‑91 ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCAT < 1:2911464/91‑1 ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCAT < 1:2913065/91‑1 ATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCAT > 2:827513/1‑91 TTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATT > 2:92398/1‑91 TAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTT < 2:2042187/91‑1 AAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAA > 1:981328/1‑91 AAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAA > 1:981805/1‑91 AGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAAT > 1:1004131/1‑91 AGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAAT > 1:3012572/1‑91 GTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATT > 1:179627/1‑91 GTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATT > 1:179416/1‑91 GTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATCTAAATGCTTAATT > 1:1756829/1‑91 TAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTT > 1:63388/1‑91 TAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTT > 2:472485/1‑91 GACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGT > 1:3842045/1‑91 ACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAA < 2:2382543/91‑1 ACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAA > 2:972102/1‑91 ACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAA < 1:2322550/91‑1 CTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTttt > 2:1883233/1‑88 TTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATT > 1:1095248/1‑91 TGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCT < 1:67069/91‑1 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA > 1:2010170/1‑91 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA > 1:959247/1‑91 GAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTA > 1:958518/1‑91 AAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTAT > 2:3697437/1‑91 AAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTAT > 1:3661883/1‑91 GGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACGTGCTCTAATTCTATGA > 2:3032263/1‑91 GGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGAT > 2:1932910/1‑91 GGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGAT < 1:3338266/91‑1 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 2:2384157/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 1:49446/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 1:49166/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 2:2021187/1‑91 AGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTT > 2:2021435/1‑91 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 2:1729073/91‑1 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT > 1:2169735/1‑91 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 2:2695081/91‑1 GCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCACATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTT < 1:3179226/91‑1 CATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTT > 2:1272841/1‑91 ATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTA > 1:3834324/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAACTGCTTAATTTGTATTAAATACTTGCTCTAATTCTATGCTTTTTAA > 2:3255003/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAA > 2:2185093/1‑91 TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAA > 2:2185112/1‑91 TTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAA > 1:1706418/1‑91 TCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > 2:2098653/1‑91 TCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > 2:2098186/1‑91 TCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > 1:3853843/1‑91 AATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/598738‑598632‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actttgaagggagcatttCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/598687‑598776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |