| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 598632 = | 108 (0.530) | 10 (0.060) | 5/124 | NT | 9.3% | intergenic (+181/+101) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 598687 = | 112 (0.710) | intergenic (+236/+46) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTA > USA300TCH1516_ALE/598542‑598722 | ttttaaaaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatga > 2:2098186‑M1/91‑91 (MQ=255)ttttaaaaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatga > 1:3853843‑M1/91‑91 (MQ=255) tttaaaaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatgaa > 1:1706418‑M1/90‑91 (MQ=255) agaagaACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAA > 1:96142‑M1/1‑91 (MQ=255) ttaaaaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatgaaa > 2:2185093‑M1/89‑91 (MQ=255) gaagaaCAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTGTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAA > 2:127774‑M1/1‑91 (MQ=255) aagaaCAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAAT < 2:2109839‑M1/91‑1 (MQ=255) gaaCAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGC > 1:2044286‑M1/1‑91 (MQ=255) aaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatgAAATGCt > 2:2384157‑M1/85‑91 (MQ=255) aaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatgAAATGCt > 1:49446‑M1/85‑91 (MQ=255) aaatcatagaattagagcaagtatttaaaacaaattaagcatttaaattaattgaaagatatgaatctgagacataaactaatgAAATGCt > 2:2021435‑M1/85‑91 (MQ=255) aCAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTC > 1:929545‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTC < 2:2428851‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCC > 2:2995184‑M1/1‑91 (MQ=255) 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gaAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGttt < 1:1105313/91‑1 (MQ=255) aaGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTc < 2:1209794/91‑1 (MQ=255) gactgactAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt < 1:3267725/91‑1 (MQ=255) gactgactAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt > 1:3286780/1‑91 (MQ=255) gactgactAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAt < 1:2470868/91‑1 (MQ=255) actgactAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtt < 2:675728/91‑1 (MQ=255) tgactAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt > 1:2596036/1‑91 (MQ=255) tgactAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt > 2:450004/1‑91 (MQ=255) actAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttttt < 1:2074355/91‑1 (MQ=255) actAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttttt > 1:2209116/1‑91 (MQ=255) taataaAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCa < 2:2867861/91‑1 (MQ=255) aataaAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCaa > 2:1368960/1‑91 (MQ=255) taaAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATg < 1:2354113/91‑1 (MQ=255) taaAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATg < 1:2826661/91‑1 (MQ=255) aaaCTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTc > 2:3179226/1‑91 (MQ=255) aaCTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCt < 2:2213053/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |