| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 598649 | 110 (0.540) | 7 (0.040) | 4/124 | NT | 6.6% | intergenic (+198/+84) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 598668 | 112 (0.710) | intergenic (+217/+65) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP | |||||
TAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/598542‑598649‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatgctcccttcaaagtAGACATTG‑AAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGT < USA300TCH1516_ALE/598668‑598579 TAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGAACATTGTAA > 2:2217754/1‑91 AGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAA > 1:96214/1‑91 AGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAA > 1:96142/1‑91 GAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAA > 2:2441987/1‑91 GAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |