| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 637748 | 191 (0.940) | 15 (0.080) | 11/150 | NT | 7.9% | intergenic (‑431/+76) | USA300HOU_RS03030/pdxK | hypothetical protein/Pyridoxine kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 637782 | 169 (0.890) | intergenic (‑465/+42) | USA300HOU_RS03030/pdxK | hypothetical protein/Pyridoxine kinase | |||||
GTATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/637655‑637748‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccacaCCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAAGTTA < USA300TCH1516_ALE/637782‑637693 GTATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACC > 1:1067523/1‑91GTATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACC > 1:2036327/1‑91GTATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACC > 1:2037151/1‑91 TATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCA > 2:1611387/1‑91 TATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCA > 1:1739368/1‑91 TATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCA > 2:2327598/1‑91 TATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCA > 1:621917/1‑91 ATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCAC < 2:2439463/91‑1 ATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCAC < 2:2439434/91‑1 TGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATGTAACTCATCTACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACA > 2:3861218/1‑91 TAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGGGTATGAACT < 2:1565040/91‑1 ACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGGGTATGAACTCA < 1:1557355/91‑1 ACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGGGTATGAACTCA < 1:1780781/91‑1 TATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTA < 2:2308602/91‑1 TATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATG < 1:3378558/91‑1 TGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTG < 1:132513/91‑1 TAACTTTCAAGTTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACGTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGAT < 2:2207377/91‑1 CTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATACAAAAATACCCACACCACTTAAATTGTGTATGATCTCAATTTATGTGATGTG < 2:137322/91‑1 CTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTG < 1:2129908/91‑1 TCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTT < 1:890182/91‑1 TCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTT < 1:1641380/91‑1 AATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATT < 2:3440031/91‑1 AATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATT < 1:1073451/91‑1 AATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTA < 1:586704/91‑1 GATGATTATAAAAAAATAACCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGT > 1:1743579/1‑91 CCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAA > 2:498758/1‑91 ACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAAGT < 1:516453/91‑1 CACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATACTCATCATGCTCTGTATATAATTTGAATTTGAAAGTT > 2:3285347/1‑91 CACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTCAATTTGAAAGTT > 2:3285346/1‑91 CACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAAGTT < 1:3905317/91‑1 ACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAAGTTA < 2:2035709/91‑1 ACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAAGTTA > 2:1329670/1‑91 GTATGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/637655‑637748‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccacaCCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTAAATTTGAAAGTTA < USA300TCH1516_ALE/637782‑637693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |