New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 637748 | 191 (0.940) | 15 (0.080) | 11/150 | NT | 7.9% | intergenic (‑431/+76) | USA300HOU_RS03030/pdxK | hypothetical protein/Pyridoxine kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 637782 | 169 (0.890) | intergenic (‑465/+42) | USA300HOU_RS03030/pdxK | hypothetical protein/Pyridoxine kinase |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTAC > USA300TCH1516_ALE/637658‑637838 | aaaTTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatc < 2:2881131/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatc < 1:2953934/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatc > 2:456344/1‑91 (MQ=255) aaTTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatca < 2:3356295/91‑1 (MQ=255) aTTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatcac < 1:2530083/91‑1 (MQ=255) ttttCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatcaca < 2:2650021/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatcacat > 2:1165835/1‑91 (MQ=255) tttCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatcacat > 2:748047/1‑91 (MQ=255) tttCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATAAACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACcacatcacat < 2:1702244/91‑1 (MQ=255) ttCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATa < 1:1779930/91‑1 (MQ=255) tCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATaa < 2:2331887/91‑1 (MQ=255) cAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCAAGATGATTATAAAAAAATATCCACATCACATaaa > 2:1679664/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATaaa < 2:3653137/90‑1 (MQ=255) aaTAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAAt < 1:3561312/91‑1 (MQ=255) aTAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAAtt > 1:3593169/1‑91 (MQ=255) tAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTg > 1:3484721/1‑91 (MQ=255) tAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTg < 1:2068303/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTg < 1:2716074/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTg < 1:540786/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTg < 1:696382/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGa < 2:2212834/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGa > 2:1577685/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGa > 1:100825/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGa < 2:588364/91‑1 (MQ=255) aaGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGt < 1:1381491/91‑1 (MQ=255) aGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGtt < 2:3609144/91‑1 (MQ=255) gCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAACAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTc > 1:3170148/1‑91 (MQ=255) gCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTc > 2:1381305/1‑91 (MQ=255) cTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCa < 1:3273065/91‑1 (MQ=255) aataaCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATa > 1:666756/1‑91 (MQ=255) ataaCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATAc > 2:2515881/1‑91 (MQ=255) ataaCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATAc > 2:3931232/1‑91 (MQ=255) taaTGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATAcc < 1:3453808/91‑1 (MQ=255) taaCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACAtcacataaattgggtatgaact < 2:1565040‑M1/91‑23 (MQ=255) aaCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATAccc < 1:1494009/91‑1 (MQ=255) aCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTCTAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCa > 2:1957047/1‑91 (MQ=255) aCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCa < 1:2976866/91‑1 (MQ=255) aCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCa < 2:3155565/91‑1 (MQ=255) aCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCa < 1:2751725/91‑1 (MQ=255) aCGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCa < 2:2673154/91‑1 (MQ=255) ttATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAAttt < 1:1691871/91‑1 (MQ=255) tataTGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTa < 2:2584289/91‑1 (MQ=255) atatGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTaa > 2:1786055/1‑91 (MQ=255) atatGTAACTTTCAAAGTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAGATTGAGTTCATACCCAATTTaa < 2:1950203/91‑1 (MQ=255) tatGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACAccacttaaattgggtatgaactcaatttatg < 1:3378558‑M1/91‑32 (MQ=255) tAACTTTCAAGTTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACAccacgtaaattgggtatgaactcaatttatgtgat < 2:2207377‑M1/91‑36 (MQ=255) tAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGt > 2:1329670‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtg < 1:3905317‑M2/91‑3 (MQ=255) aaCTTTCAAATTGAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtg > 2:3285346‑M2/1‑89 (MQ=255) aaCTTTCAAATTCAAATTATATACAGAGCATGATGAGTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtg > 2:3285347‑M2/1‑89 (MQ=255) tttCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtgg > 2:498758‑M2/1‑86 (MQ=255) tttCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAA‑TTAAGTGGTGTGGc < 2:929456/91‑1 (MQ=255) tCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACAccacttaaattgggtatgaactcaatttatgtgatgtggtt < 1:890182‑M1/91‑42 (MQ=255) tCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACAccacttaaattgggtatgaactcaatttatgtgatgtggtt < 1:1641380‑M1/91‑42 (MQ=255) tCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCACTTTAAGTGGTGTGGCt > 2:3778937/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCt < 1:2564080/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCtaa < 1:1080763/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCtaat > 2:1255855/1‑91 (MQ=255) tAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATg < 1:200621/91‑1 (MQ=255) tAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATg > 2:1085359/1‑91 (MQ=255) tAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATg > 1:3127176/1‑91 (MQ=255) aaaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGt < 1:453972/91‑1 (MQ=255) aaaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGt > 1:2463720/1‑91 (MQ=255) aaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACAccacttaaattgggtatgaactcaatttatgtgatgtggttattttttta < 1:586704‑M1/91‑51 (MQ=255) tataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGAttt < 1:1808886/91‑1 (MQ=255) ataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTta < 2:2850019/91‑1 (MQ=255) taCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTtat < 2:2734447/91‑1 (MQ=255) cAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAg < 1:1424503/91‑1 (MQ=255) agagCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGAATTATAGa > 1:2209582/1‑91 (MQ=255) atgatgATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAc < 1:989803/91‑1 (MQ=255) atgatgATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAc < 1:3254039/91‑1 (MQ=255) gatgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCg < 1:1004951/91‑1 (MQ=255) gatgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCg > 2:251254/1‑91 (MQ=255) gatgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCGAATAATGTTGATTTATAGATGAACCg < 2:2248809/91‑1 (MQ=255) atgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGc < 2:725532/91‑1 (MQ=255) atgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGc > 1:43112/1‑91 (MQ=255) atgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGc < 1:1925067/91‑1 (MQ=255) atgagTATAAAAAAATAACCACATCACATGGATTAAGTTCATACCCAATGTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGCCCCGc < 2:1463273/91‑1 (MQ=255) gatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCt < 1:1755321/91‑1 (MQ=255) atTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTa > 2:2072246/1‑91 (MQ=255) ttATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTaa < 1:2579027/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGt > 1:1715056/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGt > 1:1257374/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATCTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGt < 2:3473188/91‑1 (MQ=255) taaaaaTAACCACATCACATAAATTGCGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATTTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGtt > 2:2420130/2‑91 (MQ=255) aaaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGtt > 2:3766909/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTa < 1:26282/91‑1 (MQ=255) aaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTaaa > 1:3865580/1‑91 (MQ=255) aaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtggttatttttttataatcatcatgctctgtatataatttaaatt < 2:3440031‑M2/91‑48 (MQ=255) aaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAAc > 2:3733453/1‑91 (MQ=255) aaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAAc > 2:677848/1‑91 (MQ=255) tAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACct < 2:1997749/91‑1 (MQ=255) tAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACct < 1:3722737/91‑1 (MQ=255) aaCCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACctc < 1:502079/91‑1 (MQ=255) aCCACGTCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACctct < 2:3200475/91‑1 (MQ=255) cacatcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtggttatttttttataatcatcatgctctgtatataatttaaatttgaaag < 1:2129908‑M2/91‑54 (MQ=255) cacatcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGt > 1:1512230/1‑91 (MQ=255) cacatcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGt > 1:3198310/1‑91 (MQ=255) atcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTAc < 1:156212/91‑1 (MQ=255) accacttaaattgggtatgaactcaatttatgtgatgtggttatttttttataatcatcatgctctgtatataatttaaatttgaaagtta < 2:2035709‑M1/91‑91 (MQ=255) | TGAAATTTTCAATAAAAGCTAATAACGCTTATATGTAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTAC > USA300TCH1516_ALE/637658‑637838 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |