BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 637748	191 (0.940)	15 (0.080)	11/150	NT	7.9%	intergenic (‑431/+76)	USA300HOU_RS03030/pdxK	hypothetical protein/Pyridoxine kinase
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 637782	169 (0.890)	15 (0.080)	11/150	NT	7.9%	intergenic (‑465/+42)	USA300HOU_RS03030/pdxK	hypothetical protein/Pyridoxine kinase

Only 100 of 222 total aligned reads displayed.

TAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGTATGCA  >  USA300TCH1516_ALE/637693‑637872

tAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGt                                                                                           <  2:2035709‑M2/91‑2 (MQ=255)

 aaCTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtg                                                                                          <  1:3905317‑M2/91‑3 (MQ=255)

 aaCTTTCAAATTGAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtg                                                                                          >  2:3285346‑M2/1‑89 (MQ=255)

     ttCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGc                                                                                      <  2:3730140/91‑1 (MQ=255)

      tCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCt                                                                                     >  2:3328586/1‑91 (MQ=255)

       cAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCta                                                                                    >  1:3482969/1‑91 (MQ=255)

         aaTTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCtaat                                                                                  <  1:2536447/91‑1 (MQ=255)

         aaTTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCtaat                                                                                  >  2:1255855/1‑91 (MQ=255)

            ttAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTaataat                                                                               >  2:2154494/1‑91 (MQ=255)

             tAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATg                                                                              <  2:504033/91‑1 (MQ=255)

             tAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATg                                                                              >  1:338293/1‑91 (MQ=255)

             tAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATg                                                                              >  1:3127291/1‑91 (MQ=255)

              aaaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGt                                                                             <  1:453718/91‑1 (MQ=255)

              aaaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGt                                                                             <  1:299768/91‑1 (MQ=255)

              aaaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGt                                                                             <  2:949336/91‑1 (MQ=255)

               aaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGtt                                                                            <  2:156002/91‑1 (MQ=255)

               aaTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGtt                                                                            >  2:3777594/1‑91 (MQ=255)

                aTTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTg                                                                           >  2:228965/1‑91 (MQ=255)

                 ttATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGa                                                                          >  2:2194101/1‑91 (MQ=255)

                 ttATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGa                                                                          >  1:668361/1‑91 (MQ=255)

                 ttATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGa                                                                          >  2:2727042/1‑91 (MQ=255)

                   atataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGAtt                                                                        >  1:250797/1‑91 (MQ=255)

                    tatataGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGAttt                                                                       >  1:3119506/1‑91 (MQ=255)

                    tataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGAttt                                                                       >  2:929024/1‑91 (MQ=255)

                     ataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTta                                                                      <  1:2216526/91‑1 (MQ=255)

                     ataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTta                                                                      <  2:2850019/91‑1 (MQ=255)

                     ataCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTta                                                                      >  1:168868/1‑91 (MQ=255)

                      taCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTtat                                                                     >  2:1604300/1‑91 (MQ=255)

                       aCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtggttatttttttataatcatc                                                                    >  1:1743579‑M2/1‑67 (MQ=255)

                       aCAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTtata                                                                    <  2:1863649/91‑1 (MQ=255)

                        cAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAg                                                                   <  2:2446904/91‑1 (MQ=255)

                        cAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAg                                                                   <  1:1768235/91‑1 (MQ=255)

                             cATGATGAGTAGAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGGGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGag                                                              <  2:691393/91‑2 (MQ=255)

                              atgatgATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAc                                                             <  1:989803/91‑1 (MQ=255)

                              atgatgATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAc                                                             <  1:3254473/91‑1 (MQ=255)

                               tgatgaTTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAcc                                                            >  2:2547240/1‑91 (MQ=255)

                               tgatgaTTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAcc                                                            >  2:2860345/1‑91 (MQ=255)

                               tgatgaTTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAAcc                                                            >  1:328955/1‑91 (MQ=255)

                                gatgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCg                                                           <  1:1112934/91‑1 (MQ=255)

                                gatgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCg                                                           <  1:1004951/91‑1 (MQ=255)

                                gatgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCGAATAATGTTGATTTATAGATGAACCg                                                           <  2:2248809/91‑1 (MQ=255)

                                 atgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGc                                                          >  1:42891/1‑91 (MQ=255)

                                 atgatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGc                                                          <  1:1925067/91‑1 (MQ=255)

                                   gatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCt                                                        <  2:1959950/91‑1 (MQ=255)

                                   gatTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCt                                                        <  1:2645958/91‑1 (MQ=255)

                                    atTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACTCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTa                                                       >  1:3418384/1‑91 (MQ=255)

                                         aaaaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGt                                                  >  1:1257374/1‑91 (MQ=255)

                                         aaaaaaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATCTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGt                                                  <  2:3473188/91‑1 (MQ=255)

                                             aaaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTaaa                                              <  1:2013292/91‑1 (MQ=255)

                                              aaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtggttatttttttataatcatcatgctctgtatataatttaaatt                                             <  1:1073451‑M2/91‑48 (MQ=255)

                                              aaTAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtggttatttttttataatcatcatgctctgtatataatttaaatt                                             <  2:3440031‑M2/91‑48 (MQ=255)

                                                tAACCACATCACATAAATTGAGTTCATGCCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACct                                           <  2:3751973/91‑1 (MQ=255)

                                                tAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACct                                           <  1:3722864/91‑1 (MQ=255)

                                                tAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACct                                           <  2:1997749/91‑1 (MQ=255)

                                                 aaCCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGtgtggttatttttttataatcatcatgctctgtatataatttaaatttga                                          <  1:890182‑M2/91‑51 (MQ=255)

                                                 aaCCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACctc                                          >  1:2153136/1‑91 (MQ=255)

                                                 aaCCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACctc                                          <  1:2598808/91‑1 (MQ=255)

                                                 aaCCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACctc                                          <  1:502079/91‑1 (MQ=255)

                                                  aCCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACctct                                         >  2:589370/1‑91 (MQ=255)

                                                   ccACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTg                                        >  2:1104397/1‑91 (MQ=255)

                                                   ccACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTg                                        >  2:3949589/1‑91 (MQ=255)

                                                    cacatcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGt                                       >  1:1512230/1‑91 (MQ=255)

                                                    cacatcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGt                                       >  1:2574455/1‑91 (MQ=255)

                                                    cacatcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGt                                       >  1:3198310/1‑91 (MQ=255)

                                                    cacatcacatAAATTGAGATCATACACAATTTAAGTGGtgtgggtatttttgtataatcatcatgctctgtatataatttaaatttgaaag                                       <  2:137322‑M2/91‑54 (MQ=255)

                                                      catcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTa                                     <  1:2203165/91‑1 (MQ=255)

                                                      catcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTa                                     <  1:1788805/91‑1 (MQ=255)

                                                       atcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTAc                                    <  1:156212/91‑1 (MQ=255)

                                                        tcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACt                                   >  2:171186/1‑91 (MQ=255)

                                                        tcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACt                                   <  1:1415439/91‑1 (MQ=255)

                                                        tcacatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGCGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACt                                   >  2:1431684/1‑91 (MQ=255)

                                                          acatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTACACCTCTGTTACTTc                                 <  2:3351969/91‑1 (MQ=255)

                                                          acatAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGACGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTc                                 <  2:3887068/91‑1 (MQ=255)

                                                           catAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCa                                <  2:1739368/91‑1 (MQ=255)

                                                            atAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCaa                               >  2:2591192/1‑91 (MQ=255)

                                                             tAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAAc                              >  2:741102/1‑91 (MQ=255)

                                                              aaaTTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACa                             <  2:2110984/91‑1 (MQ=255)

                                                               aaTTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACAt                            <  2:2093256/91‑1 (MQ=255)

                                                               aaTTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACAt                            >  1:2002287/1‑91 (MQ=255)

                                                                aTTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATc                           <  2:1314404/91‑1 (MQ=255)

                                                                aTTGACTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATc                           <  2:3205660/91‑1 (MQ=255)

                                                                  tGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGa                         >  2:2087152/1‑91 (MQ=255)

                                                                   taGTTCATACCCAATATAAGTGGTGTTGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACAGCATAATCGTTAATCCTCTGTTACTTCAACATCGaa                        >  2:2519996/2‑90 (MQ=255)

                                                                   gAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGat                        >  1:2537771/1‑91 (MQ=255)

                                                                   gAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGat                        >  2:3872392/1‑91 (MQ=255)

                                                                     gTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTATACCTCTGTTACTTCAACATCGatat                      >  1:3696261/1‑91 (MQ=255)

                                                                     gTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGatat                      >  1:1355687/1‑91 (MQ=255)

                                                                     gTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGatat                      <  1:1328404/91‑1 (MQ=255)

                                                                     gTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGatat                      >  1:522667/1‑91 (MQ=255)

                                                                      ttCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATg                     >  1:2336604/1‑91 (MQ=255)

                                                                        cATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGtt                   >  2:3085570/1‑91 (MQ=255)

                                                                         aTACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTc                  <  1:2180391/91‑1 (MQ=255)

                                                                             ccAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTAATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATa              <  1:271255/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 tttAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGt          <  1:1021578/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   tAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTg        >  1:2934848/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    aaGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGt       >  1:614121/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     aGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACCTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGTa      >  1:2038178/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      gtggtgTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGTAt     >  2:921277/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       tggtgTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGTATg    >  1:3223420/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        ggtgTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGTATGc   <  1:2741057/91‑1 (MQ=255)

TAACTTTCAAATTTAAATTATATACAGAGCATGATGATTATAAAAAAATAACCACATCACATAAATTGAGTTCATACCCAATTTAAGTGGTGTGGCTAATAATGTTGATTTATAGATGAACCGCCTAATCGTTAAACCTCTGTTACTTCAACATCGATATGTTCAATACGGTTGTATGCA  >  USA300TCH1516_ALE/637693‑637872

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.