| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 172 (0.840) | 28 (0.160) | 12/140 | NT | 15.4% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 158 (0.890) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646755‑646656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGG > USA300TCH1516_ALE/646692‑646780 tttATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACATCCCTATTCGATAACTTGAAAG > 2:1402060/4‑91ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATTTTTTCTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 2:3780851/1‑91ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 2:3865748/1‑91ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG < 2:2908060/91‑1ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 2:1401753/1‑91ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 1:4417/1‑91 TGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGACAAAAACGATAACTTGAAAGG > 1:1174704/1‑91 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 2:90329/91‑1 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 1:514364/91‑1 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 1:3460397/91‑1 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 1:3460151/91‑1 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 1:2590085/91‑1 GATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATGTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGG < 2:90222/91‑1 ATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGCTACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGG < 2:3351250/91‑1 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ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646755‑646656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGG > USA300TCH1516_ALE/646692‑646780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |