New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 172 (0.840) | 28 (0.160) | 12/140 | NT | 15.4% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 158 (0.890) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
AAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGAA > USA300TCH1516_ALE/646602‑646782 | aaaaTGATGGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAt < 2:1458686/91‑1 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt > 2:1628212/1‑91 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt > 1:3624535/1‑91 (MQ=255) tGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttttt > 2:2384226/1‑91 (MQ=255) tGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttttt < 1:2251085/91‑1 (MQ=255) tGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttttt < 2:2748741/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGaa > 1:630165/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGaa < 2:1788871/91‑1 (MQ=255) aggaaaCAAGAAGATGATATATCAAATGCAGTAGTTAAGTATGTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGTGGCTGTTATTTTTGAAAGTa < 2:2575665/89‑1 (MQ=255) agaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAt < 2:3760785/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATcc < 1:2999085/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCa < 1:1752190/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCa > 1:3482206/1‑91 (MQ=255) aCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCAt > 2:1167847/1‑91 (MQ=255) aCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCAt < 2:392992/91‑1 (MQ=255) aCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCAt > 2:160681/1‑91 (MQ=255) aCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCAt > 1:3938825/1‑91 (MQ=255) cAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCGAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATa < 2:1564324/91‑1 (MQ=255) cAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATa > 2:1409516/1‑91 (MQ=255) aaGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaa < 1:3734088/91‑1 (MQ=255) aGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaa > 2:1715780/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATaaaa > 1:1903570/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAg < 2:323780/91‑1 (MQ=255) aaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGc < 1:275242/91‑1 (MQ=255) aaTGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGc > 1:784446/1‑91 (MQ=255) aTAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTTTCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaa > 1:3135620/1‑91 (MQ=255) aTAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaa > 2:1667704/1‑91 (MQ=255) tAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaaa < 2:2047978/91‑1 (MQ=255) aGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAat > 1:2881883/1‑91 (MQ=255) gATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAata < 1:3100228/91‑1 (MQ=255) aTCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAatat < 1:1080559/91‑1 (MQ=255) aTCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAatat < 1:1080377/91‑1 (MQ=255) aTCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAatat > 2:2242748/1‑91 (MQ=255) tCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATg > 2:1526740/1‑91 (MQ=255) tCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATg > 2:2452970/1‑91 (MQ=255) cAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGt > 2:2847017/1‑91 (MQ=255) aaTGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTa < 1:1215381/91‑1 (MQ=255) aaTGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTa > 1:453067/1‑91 (MQ=255) aTGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTAt > 1:3258527/1‑91 (MQ=255) tAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCt < 1:2146865/91‑1 (MQ=255) tAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCt > 2:829614/1‑91 (MQ=255) aGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTa > 1:230856/1‑91 (MQ=255) aGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTa > 1:417952/1‑91 (MQ=255) ttAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAat > 1:1379769/1‑91 (MQ=255) aaTATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATAtt < 2:418903/91‑1 (MQ=255) aaTATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATAtt > 1:977926/1‑91 (MQ=255) 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cagccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGaa > 1:1686014‑M2/34‑91 (MQ=255) cagccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAAGATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGaa > 2:268040‑M2/34‑91 (MQ=255) gccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATCTGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAca > 2:3764499‑M2/32‑91 (MQ=255) gccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAca > 1:195270‑M2/32‑91 (MQ=255) GCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAca > 2:2777770‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATATTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAca > 1:3362152‑M1/1‑91 (MQ=255) ccccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAGAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTTTTGACCTAATATTTAAATTGAAcat > 1:3328602‑M2/31‑91 (MQ=255) CCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAGCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcat < 2:3351250‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatc < 1:3460151‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatc < 1:2590085‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatc < 2:90329‑M1/91‑1 (MQ=255) ccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatca > 1:864389‑M2/29‑91 (MQ=255) ccaaacgataacttgaaaggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatca > 1:2857909‑M2/29‑91 (MQ=255) CCTTTCAAGTTATCGTTTTTGTCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatca > 1:1174704‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatcat > 2:1401753‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCatt > 1:577860/1‑91 (MQ=255) 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ctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatg < 2:471518‑M2/85‑1 (MQ=255) tgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatga > 1:2468466‑M2/6‑91 (MQ=255) gttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatgat > 1:1283122‑M2/5‑91 (MQ=255) gttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatgat > 2:598453‑M2/5‑91 (MQ=255) gttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatgat > 1:2722534‑M2/5‑91 (MQ=255) gttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAatgatatgat > 1:2638289‑M2/5‑91 (MQ=255) | AAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGAA > USA300TCH1516_ALE/646602‑646782 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |