| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 172 (0.840) | 28 (0.160) | 12/140 | NT | 15.4% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 158 (0.890) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CAAGAAGAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/646566‑646746 | agaagaATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAA > 2:317577‑M1/1‑91 (MQ=255) gaagaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAAC < 1:3930111‑M1/91‑1 (MQ=255) atcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAAc > 1:2638289‑M1/88‑91 (MQ=255) tcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggccaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACa > 1:2468443‑M1/87‑91 (MQ=255) catatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAg < 2:471518‑M1/6‑1 (MQ=255) catatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAg > 1:2066336‑M1/86‑91 (MQ=255) agaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAG < 1:480351‑M1/91‑1 (MQ=255) gaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGC < 2:3928467‑M1/91‑1 (MQ=255) atatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGc < 2:3474619‑M1/7‑1 (MQ=255) aaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCC > 2:2597796‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCC > 1:3865748‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCC > 1:1529532‑M1/1‑91 (MQ=255) atcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGccc > 1:716288‑M1/83‑91 (MQ=255) aTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCC > 1:2683230‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 1:2855314/91‑1 (MQ=255) gatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATc > 1:139019/1‑91 (MQ=255) gatacgTA‑TTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 2:74772/1‑91 (MQ=255) tttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatatatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 2:2442433‑M1/69‑91 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg < 1:291883/91‑1 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg < 1:3272166/91‑1 (MQ=255) ttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGt > 1:3553326‑M1/68‑91 (MQ=255) ttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGt > 2:2712629‑M1/68‑91 (MQ=255) acgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaa < 1:3769316‑M1/91‑16 (MQ=255) acgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaa < 2:2495745‑M1/91‑16 (MQ=255) cgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaaa < 2:2259916‑M1/91‑17 (MQ=255) cgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGttt > 1:169120/1‑91 (MQ=255) tgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgg > 1:1326755‑M1/64‑91 (MQ=255) tATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaaagg < 1:2474492‑M1/91‑19 (MQ=255) aTTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggg < 1:362248‑M2/91‑4 (MQ=255) atgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg > 1:866423‑M1/62‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |