| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 671388 = | 198 (0.970) | 9 (0.050) | 6/140 | NT | 5.4% | intergenic (+13/‑375) | argS/nth_1 | Arginine‑‑tRNA ligase/Endonuclease III |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 671434 = | 142 (0.800) | intergenic (+59/‑329) | argS/nth_1 | Arginine‑‑tRNA ligase/Endonuclease III | |||||
TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/671487‑671388‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttggagtgtTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > USA300TCH1516_ALE/671434‑671523 TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACG < 2:3784544/91‑1TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACG < 1:2713461/91‑1 CTTAACCTTATTGACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT > 1:3045446/1‑91 CTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT < 2:908848/91‑1 CTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT < 2:2012032/91‑1 CTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGT < 1:632407/91‑1 TTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTT > 1:885077/1‑91 TTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTT > 1:3946504/1‑91 TAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAATAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGACAAACTCTACGTTG > 1:3954728/1‑91 TAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAACAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTG > 1:3954554/1‑91 TAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTG > 2:211996/1‑91 TAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTG > 1:1831551/1‑91 TAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTG > 1:1831552/1‑91 AACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGG < 1:1077914/91‑1 ACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGA > 2:1117446/1‑91 ACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGA > 1:1675258/1‑91 ACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGA > 2:1486519/1‑91 CTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGT > 1:2996408/1‑91 TTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTG < 1:2941085/91‑1 TTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTG > 2:2838562/1‑91 TATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT > 2:2138876/1‑91 TATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT > 2:2138877/1‑91 TATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT > 1:328523/1‑91 TATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT > 1:2619634/1‑91 ATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGG > 1:3927372/1‑91 CACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAA > 2:1234410/1‑91 CACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAA > 1:804905/1‑91 CTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGG > 1:1715454/1‑91 CTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGG > 1:141763/1‑91 CTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGG > 1:144442/1‑91 CCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTT > 2:2041071/1‑91 AACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAA > 1:83748/1‑91 ACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAG > 1:2220580/1‑91 TGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTG < 1:2753032/91‑1 TGGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTG > 1:3306395/1‑91 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC > 2:214641/1‑91 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC < 1:1915912/91‑1 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC > 2:2900857/1‑91 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC < 1:1915913/91‑1 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC < 1:52269/91‑1 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGC < 1:1915869/91‑1 GGAGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGCATGCTCTGCACAACTGC > 2:1405310/1‑91 GAGTGTTTTTTTATGTATGTGTCATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATCAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCA > 2:436646/1‑91 AGTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCAT < 2:3526942/91‑1 GTGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATA > 1:3452842/1‑91 TGTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAA < 1:1034757/91‑1 TGTTTGTTTAGGTATGTGACATATTCGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTTAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAA < 1:3684915/91‑1 GTTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGGGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAG < 1:1154954/91‑1 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 2:108399/1‑91 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 2:2997373/1‑91 TTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > 2:523411/1‑91 TTTTTTTAGGGATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA < 2:3680671/91‑1 TCTTAACCTTATTCACATACTAAGCATTCCCCAATATGTCACATACCTAAAAAAACACTCCAACACAAAGTATCTTTCGAGAAACTCTACGTTGGAGTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/671487‑671388‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttggagtgtTTTTTTAGGTATGTGACATATTGGGGAATGCTTAGTATGTGAATAAGGTTAAGAGGAACACAGTTGGATGCTCTGCACAACTGCATAAGA > USA300TCH1516_ALE/671434‑671523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |