| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 676982 = | 195 (0.960) | 44 (0.250) | 12/136 | NT | 21.8% | intergenic (+20/‑142) | USA300HOU_RS03260/USA300HOU_RS03265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 677017 = | 150 (0.870) | intergenic (+55/‑107) | USA300HOU_RS03260/USA300HOU_RS03265 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATTGGTTTAATTTCCCCTTCGCAAATCATAAAAATTAATATTCACTGTATTATGCCATGTAATAAAATAACCGACAAGTATTGCGATTTAACTTGTCGGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/677083‑676982‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCATT > USA300TCH1516_ALE/677017‑677106 ATTGGTTTAATTTCCCCTTCGCAAATCATAAAAATTAATATTCACTGTATTATGCCATGTAATAAAATAACCGACAAGTATTGCGATTTAA < 2:3596800/91‑1 TTGGTTTAATTTCCCCTTCGCAAATCATAAAAATTAATATTCACTGTATTATGCCATGTAATAAAATAACCGACAAGTATTGCGATTTAAC < 2:661384/91‑1 TTGGTTTAATTTCCCCTTCGCAAATCATAAAAATTAATATTCACTGTATTATGCCATGTAATAAAATAACCGACAAGTATTGCGATTTAAC > 2:1514109/1‑91 TTGCTTTAATTTCCCCTTCGCAAATCATAAAAATTAATATTCACTGTATTATGCCATGTAATAAAATAACCGACAAGTATTGCGATTTAAC < 1:3180787/91‑1 TGGTTTAATTTCCCCTTCGCAAATCATAAAAATTAATATTCACCGTATTATGCCATGTAATAAAATAACCGACAAGTATTGCGATTTAACT > 2:3057455/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |