| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 676982 = | 195 (0.960) | 44 (0.250) | 12/136 | NT | 21.8% | intergenic (+20/‑142) | USA300HOU_RS03260/USA300HOU_RS03265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 677017 = | 150 (0.870) | intergenic (+55/‑107) | USA300HOU_RS03260/USA300HOU_RS03265 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
AACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCATTT > USA300TCH1516_ALE/676927‑677107 | tAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttatttta > 1:710195/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattttat > 1:883903/1‑91 (MQ=255) aaTTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTttatta > 2:1971998/1‑91 (MQ=255) aaTTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTttatta < 1:1315685/91‑1 (MQ=255) aTTATATCGTATTGATTTAGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTAc < 2:1661447/91‑1 (MQ=255) ttATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAGTCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACa < 2:642817/91‑1 (MQ=255) ttATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACa < 2:3112088/91‑1 (MQ=255) cGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCat < 1:867085/91‑1 (MQ=255) agTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCat < 2:3929720/90‑1 (MQ=255) gTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCata < 1:1454168/91‑1 (MQ=255) gTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCata < 1:2077058/91‑1 (MQ=255) ttGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCataata > 1:2921235/1‑91 (MQ=255) ttGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGCTAAAACGCAATACATGTCGGTTCTTTTATTACATGGCatacta > 2:3605141/1‑91 (MQ=255) tttGGAAAATTAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATCATACAGt > 1:1971837/1‑91 (MQ=255) ttGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTg > 2:57514/1‑91 (MQ=255) ttGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTg > 2:1922598/1‑91 (MQ=255) atattcactgtattatgccatgtaataaaataaccgacaagtattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGa > 1:146971‑M2/66‑91 (MQ=255) aaaaaTAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAata > 1:1108552/1‑91 (MQ=255) aataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTa > 1:2616775/1‑91 (MQ=255) aataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTa > 1:3235004/1‑91 (MQ=255) aataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTa > 1:3390283/1‑91 (MQ=255) aataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTa > 1:3465280/1‑91 (MQ=255) aataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTa > 2:3789924/1‑91 (MQ=255) aataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTa > 2:229516/1‑91 (MQ=255) ataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAttt > 1:3797660/1‑91 (MQ=255) taatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAtttt < 2:2515907/91‑1 (MQ=255) taatTAAATTAATCATGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAtttt > 2:2833824/1‑91 (MQ=255) aattaaattaATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAttttt > 1:1520230/1‑91 (MQ=255) aattaaattaATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAttttt < 1:1399511/91‑1 (MQ=255) taaattaaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATg < 2:1124003/91‑1 (MQ=255) aattaaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGAt < 1:916543/91‑1 (MQ=255) aattaaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGAt < 1:664600/91‑1 (MQ=255) taaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTg > 1:371459/1‑91 (MQ=255) aaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGc > 2:2946161/1‑91 (MQ=255) aTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCg < 1:3765473/91‑1 (MQ=255) aTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCg > 1:537621/1‑91 (MQ=255) aataaaataaccgacaagtattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGa > 2:3301569‑M2/43‑91 (MQ=255) cGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGaa > 1:2164160/1‑91 (MQ=255) gTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAg > 1:1729625/1‑91 (MQ=255) tGCTTAACCGAAAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAgg < 2:1410234/91‑1 (MQ=255) ggCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAgg < 2:751158/90‑1 (MQ=255) gCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAggg < 1:2981613/91‑1 (MQ=255) gCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAggg > 2:2622745/1‑91 (MQ=255) gCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAggg < 1:955300/91‑1 (MQ=255) aaataaccgacaagtattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAggg > 1:2227399‑M2/39‑91 (MQ=255) aaataaccgacaagtattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAggg > 1:1158947‑M2/39‑91 (MQ=255) cTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAgggg < 1:2420763/91‑1 (MQ=255) ttAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGa < 1:1189231/91‑1 (MQ=255) TAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGaa > 2:137839‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGaaa < 1:2985444‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGaaa > 2:2854221‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAAtt > 2:3411853‑M1/1‑91 (MQ=255) cgacaagtattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTa > 2:2978003‑M2/32‑91 (MQ=255) ACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTaaa < 1:102674‑M1/91‑1 (MQ=255) caagtattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAAc > 2:51108‑M2/29‑91 (MQ=255) CAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAAc > 1:3844343‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAGTTAAATCGCAATACTTGGCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAAc > 1:320291‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACGGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCa > 2:3057455‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAAGCaa < 1:3180787‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCaa < 2:661384‑M1/91‑1 (MQ=255) tattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTAGATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaat > 2:3884927‑M2/25‑91 (MQ=255) tattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaat > 2:186844‑M2/25‑91 (MQ=255) tattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaat > 1:3821636‑M2/25‑91 (MQ=255) tattgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaat > 2:1741364‑M2/25‑91 (MQ=255) tAAATCGCCATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGACATTACACccata > 2:62593/1‑91 (MQ=255) attgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaata > 1:1578180‑M2/24‑91 (MQ=255) ttgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaatac > 2:3595052‑M2/23‑91 (MQ=255) ttgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaatac > 1:1651224‑M2/23‑91 (MQ=255) ttgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaatac > 2:1518154‑M2/23‑91 (MQ=255) aaaTCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaatac > 1:477838/1‑91 (MQ=255) tgcgatttaacttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaataca > 1:1815457‑M2/22‑91 (MQ=255) aaTCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaataca > 2:834806/1‑91 (MQ=255) aaTCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaataca < 2:155115/91‑1 (MQ=255) aaTCGCAATACTTGCCGGTAATTTTATTACATGTCATACTACAGTGAATATTAAATTATACGATTTGCGAAGGGGAAACTAAACcaataca > 2:812297/1‑91 (MQ=255) aTCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaatacaa < 2:278580/91‑1 (MQ=255) cGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACcaatacaata > 1:2564218/1‑91 (MQ=255) cAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACaataaa > 2:898212/1‑91 (MQ=255) cAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACaataaa < 1:2798068/91‑1 (MQ=255) aaTACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCCATACaataaat > 1:3585399/1‑91 (MQ=255) aaTACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACaataaat > 2:2729481/1‑91 (MQ=255) aaTACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACaataaat < 2:291873/91‑1 (MQ=255) aaTACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACaataaat > 2:2194414/1‑91 (MQ=255) aaTACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAA‑‑TTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAataaataa < 2:3196108/91‑1 (MQ=255) aTACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACaataaata < 1:743142/91‑1 (MQ=255) tACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAataaataa > 2:2072044/1‑91 (MQ=255) tACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAataaataa > 2:1049378/1‑91 (MQ=255) acttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAAtaaataaa > 1:1144889‑M2/13‑91 (MQ=255) acttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAAtaaataaa > 1:668903‑M2/13‑91 (MQ=255) cttgtcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAg < 1:2316631‑M2/80‑1 (MQ=255) tcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGt > 1:2031730‑M2/8‑91 (MQ=255) tcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGt > 1:1615638‑M2/8‑91 (MQ=255) tcggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGt > 2:2357540‑M2/8‑91 (MQ=255) ggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATATATAAAGATGttt < 1:3033984‑M2/86‑1 (MQ=255) ggttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGttt < 1:2340951‑M2/86‑1 (MQ=255) gttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTTTTTTTTGTTTAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTc > 2:3489226‑M2/5‑91 (MQ=255) gttaTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTc < 1:2472083‑M2/87‑1 (MQ=255) taTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCAt < 1:845012‑M2/89‑1 (MQ=255) taTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCAt < 1:3919708‑M2/89‑1 (MQ=255) taTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCAt < 1:3638351‑M2/89‑1 (MQ=255) aTTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCAtt > 2:1648614‑M2/2‑91 (MQ=255) | AACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAAATTAAACCAATACAATAAATAAAGATGTTTCATTT > USA300TCH1516_ALE/676927‑677107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |