| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 676982 = | 195 (0.960) | 44 (0.250) | 12/136 | NT | 21.8% | intergenic (+20/‑142) | USA300HOU_RS03260/USA300HOU_RS03265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 677017 = | 150 (0.870) | intergenic (+55/‑107) | USA300HOU_RS03260/USA300HOU_RS03265 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CGACTTATCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAGGGGAA > USA300TCH1516_ALE/676892‑677072 | cGACTTATCAATTTGCCTCAACACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATAGAAAAAAAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCtt < 2:345144/91‑1 (MQ=255)aatgaaacatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaat > 2:1648614‑M1/91‑91 (MQ=255) gACTTATCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTa < 1:2286374/91‑1 (MQ=255) atgaaacatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaata < 1:3919708‑M1/2‑1 (MQ=255) aCTTATCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTaa > 2:719998/1‑91 (MQ=255) aCTTATCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTaa > 1:72559/1‑91 (MQ=255) gaaacatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAAc > 2:3489294‑M1/88‑91 (MQ=255) gaaacatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAAc < 1:2472083‑M1/4‑1 (MQ=255) gaaacatctttatttattggattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAAc > 1:1127504‑M1/88‑91 (MQ=255) cTTATTAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGGAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAAc > 2:2754197/1‑91 (MQ=255) cTTATCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAAc < 1:3729605/91‑1 (MQ=255) cTTATCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAAc > 1:1813117/1‑91 (MQ=255) aaacatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAAcc < 2:2252097‑M1/5‑1 (MQ=255) aaacatctttatttattgtattggtttaatttccccttagcaaaacataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAAcc > 2:2809933‑M1/87‑91 (MQ=255) aaacatctttatatattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAAcc < 1:3033984‑M1/5‑1 (MQ=255) acatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGa > 1:2031730‑M1/85‑91 (MQ=255) acatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGa > 2:652746‑M1/85‑91 (MQ=255) acatctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGa > 1:1615638‑M1/85‑91 (MQ=255) tCAATTTGCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGAc < 2:1760101/91‑1 (MQ=255) tctttatttattgtattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACaa < 1:862671‑M1/10‑1 (MQ=255) gCCTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTaa < 1:2525245/91‑1 (MQ=255) ccTCAGCACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTaaa > 1:453120/1‑91 (MQ=255) 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ctattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCaa > 2:3920462‑M1/70‑91 (MQ=255) cACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCaa < 1:1089561/91‑1 (MQ=255) cACCAAAAGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCaa < 2:2429582/91‑1 (MQ=255) tattggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAAt > 2:305989‑M1/69‑91 (MQ=255) acgaaaaGAGAAAAAGATGAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAAGAATAATTAAATTATTCGTGCTTAGCCGACAAGTTAAATCGCAAt < 2:883268/88‑1 (MQ=255) attggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATa > 2:1741364‑M1/68‑91 (MQ=255) attggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATa > 2:1385416‑M1/68‑91 (MQ=255) attggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatctaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATa > 2:3884927‑M1/68‑91 (MQ=255) ttggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATAc > 2:3114410‑M1/67‑91 (MQ=255) tggtttaatttccccttcgcaaatcataaaaactaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACt > 2:2637070‑M1/66‑91 (MQ=255) gtttagtttccccttcgcaaatcattaaaattaatattcgctgtattatgccaggtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTg > 1:3678828‑M1/64‑91 (MQ=255) gtttaatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTg > 2:51108‑M1/64‑91 (MQ=255) aaGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTACATTAATCGTCCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTg > 2:2291833/1‑91 (MQ=255) aaGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTACTCGTGCTTAACCGACCAGTTAAATCGCAATACTTg > 2:1106410/1‑91 (MQ=255) aGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGt > 2:1972360/1‑91 (MQ=255) aGATAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGt < 1:3583681/91‑1 (MQ=255) taatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCg > 2:2978003‑M1/61‑91 (MQ=255) taatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCg > 1:1082992‑M1/61‑91 (MQ=255) taatttccccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCg > 2:2111546‑M1/61‑91 (MQ=255) aTAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCg < 1:3005445/91‑1 (MQ=255) tAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCgg < 2:3354624/91‑1 (MQ=255) tAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCgg > 2:1023009/1‑91 (MQ=255) tAAAAACATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCgg > 2:1350249/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGt < 2:1952918/91‑1 (MQ=255) aaaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGt > 2:3613965/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGt > 1:762229/1‑91 (MQ=255) aaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGtt > 1:1538851/1‑91 (MQ=255) aaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGtt > 2:420035/1‑91 (MQ=255) aaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGtt > 1:3804936/1‑91 (MQ=255) aaaaCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGtt > 1:2940419/1‑91 (MQ=255) aCATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttatt < 1:879888/91‑1 (MQ=255) cccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattt > 1:2227399‑M1/54‑91 (MQ=255) cccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattt > 1:667348‑M1/54‑91 (MQ=255) cccttcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattt > 1:1158947‑M1/54‑91 (MQ=255) cATAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattt < 2:3404695/91‑1 (MQ=255) tAAAATTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttatttta > 1:710152/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattttat < 1:3631862/91‑1 (MQ=255) tcgcaaatcataaaaattaatattcactgtattatgccatgtaataaaaTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattttatt > 2:3301569‑M1/50‑91 (MQ=255) aaaTTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGttattttatt > 1:2173052/1‑91 (MQ=255) aaaTTATATCGTATTGATTTGGAAAAATAATAATTAAATCAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACCTGCCGGttattttatt > 2:2848610/1‑91 (MQ=255) 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ataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTaa > 1:3198857/1‑91 (MQ=255) ataataatTAAATTAATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTaa > 2:252860/1‑91 (MQ=255) aattaaattaATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAttttt > 1:1520230/1‑91 (MQ=255) aattaaattaATCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAAttttt < 1:1399511/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTa < 2:1813117/91‑1 (MQ=255) aaTCGTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGc > 2:2946161/1‑91 (MQ=255) gTGCTTAACCGACAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAg > 1:1729625/1‑91 (MQ=255) tGCTTAACCGAAAAGTTAAATCGCAATACTTGTCGGTTATTTTATTACATGGCATAATACAGTGAATATTAATTTTTATGATTTGCGAAgg < 2:1410234/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |