| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 681130 = | 223 (1.090) | 20 (0.120) | 9/136 | NT | 10.4% | intergenic (‑200/+8) | USA300HOU_RS03280/USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 681182 = | 155 (0.900) | coding (310/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein | |||||
AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTAATATAGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/681230‑681130‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTA > USA300TCH1516_ALE/681182‑681270 AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT < 1:614324/91‑1AAATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATT < 1:2874429/91‑1 AATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTA > 2:1784079/1‑91 AATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACACAAAATTGTGAACCTATATTAAATGACTGTGTGAGGCACGAACCCGTCAATTA > 2:338944/1‑91 AATCGAGTGAGGAAATGCTAAAGTACCATGTAAGCACAAAAAATTGTGAACCAATATAAAATGACTGTGGGAGGCACGAACCCGTAAATTA > 2:339153/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |