New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 681130 = | 223 (1.090) | 20 (0.120) | 9/136 | NT | 10.4% | intergenic (‑200/+8) | USA300HOU_RS03280/USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 681182 = | 155 (0.900) | coding (310/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAGTCAAATATCATTCGAGGCCGTGCATTAATTTGTTTAAC > USA300TCH1516_ALE/681092‑681272 | tgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTc > 1:193228/1‑91 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 2:2994739/91‑1 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 2:229283/91‑1 (MQ=255) cctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTcaca < 1:2868786/91‑1 (MQ=255) ctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACaa < 2:3178448/91‑1 (MQ=255) ttCCTCGCACACTGTCATCCCTTCGCTTAGATTAATTTATGATGTTTGACGGGTTCGTTCCCCGCACTGTCATTTGTTATAGGTTCACAAt < 2:3472350/91‑1 (MQ=255) ttCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAt < 1:2408972/91‑1 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt < 1:1186366/91‑1 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt < 1:1409430/91‑1 (MQ=255) cgcgCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAtttt < 1:3356204/91‑1 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgt > 1:989518/1‑91 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTCtgt > 1:3556526/1‑91 (MQ=255) gcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgtg < 1:664763/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATTTTAATAGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAAGATAGGTTCACAATTTTGTGTGCt < 2:3571861/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCt < 1:1009015/91‑1 (MQ=255) tGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTa > 2:2684980/1‑91 (MQ=255) gTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTAc > 1:456704/1‑91 (MQ=255) tAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACa < 2:2168554/91‑1 (MQ=255) tAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACa < 2:3798852/91‑1 (MQ=255) aaaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACAt < 2:3864485/91‑1 (MQ=255) aaCCGTTCGCTCAGATTAACCTATATTAATTGCCGGGTTCGTGCCTCACTCAGTCATTTAATATAGGTTCACACTTCTGTGTGCTTACATg < 2:728335/91‑1 (MQ=255) aaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATg > 2:1157629/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg > 1:1823758/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg < 2:1639916/91‑1 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg > 2:1259579/1‑91 (MQ=255) cATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGGCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACACTGTTGTGTGCTACCATGGTa > 2:2825074/1‑91 (MQ=255) cATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTa > 2:2743006/1‑91 (MQ=255) aTTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTAc > 1:31145/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 1:842165/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 2:585140/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 1:63564/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGCGCTTACATGGTACttt > 2:3776753/1‑91 (MQ=255) gCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTa < 1:2946354/91‑1 (MQ=255) cTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAg < 1:3593081/91‑1 (MQ=255) ttAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGc > 2:1461302/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGc > 1:3920417/1‑91 (MQ=255) tAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCa < 2:362580/91‑1 (MQ=255) gATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCAtt > 1:1625554/1‑91 (MQ=255) tAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTcc < 2:450464/91‑1 (MQ=255) AACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt < 2:513815‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt > 1:2485234‑M1/1‑91 (MQ=255) CTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCAc > 1:2760843‑M1/1‑91 (MQ=255) CTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCAc > 2:3344160‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTc < 1:486172‑M1/91‑1 (MQ=255) tattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCg > 1:1539227‑M2/47‑91 (MQ=255) tattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCg > 1:591689‑M2/47‑91 (MQ=255) tattaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCg > 1:3738867‑M2/47‑91 (MQ=255) attaaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGa > 1:2819675‑M2/46‑91 (MQ=255) TTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAt < 1:2527349‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAtt > 2:338944‑M1/1‑91 (MQ=255) TAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAtt > 2:1784079‑M1/1‑91 (MQ=255) aaatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt > 2:1825580‑M2/43‑91 (MQ=255) aatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTta > 2:3134976‑M2/42‑91 (MQ=255) aatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTta > 2:91719‑M2/42‑91 (MQ=255) ttGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtat < 1:3463982/91‑1 (MQ=255) ttGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtat < 2:2331669/91‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtata < 1:2356109/91‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtata > 1:1368054/1‑91 (MQ=255) tGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtata < 2:1367410/91‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtata < 1:165559/91‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTtata > 1:2442343/1‑91 (MQ=255) gACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTATAg > 1:553177/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |