| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 724910 | 172 (0.840) | 26 (0.150) | 11/140 | NT | 13.4% | intergenic (+30/‑204) | feuC_1/dhaK | Iron‑uptake system permease protein FeuC/PTS‑dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone‑binding subunit DhaK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 724929 | 186 (1.050) | intergenic (+49/‑185) | feuC_1/dhaK | Iron‑uptake system permease protein FeuC/PTS‑dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone‑binding subunit DhaK | |||||
AGGTATTGTCGTAGCAATTATTGGTGCACCGTATTTCTTATATTTAATGTACAAAACGAAAAATGTATAGTGTCAATGGACACAACTTATTGCTATGAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/724811‑724910‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctatgaaaAGCCTTATAATAAAGTGCCTTTCATAGCAATAAGTTGTGTCCATTGACACTATACATTTTTCGTTTTGTACATTAAATATAAGAAATACG < USA300TCH1516_ALE/724929‑724840 AGGTATTGTCGTAGCAATTATTGGTGCACCGTATTTCTTATATTTAATGTACAAAACGAAAAATGTATAGTGTCAATGGACACAACTTATT > 1:1406840/1‑91AGGTATTGTCGTAGCAATTATTGGTGCACCGTATTTCTTATATTTAATGTACAAAACGAAAAATGTATAGTGTCAATGGACACAACTTATT < 2:224775/91‑1 GGTATTGTCGTAGCAATTATTGGTGCACCGTATTTCTTATATTTAATGTACAAAACGAAAAATGTATAGTGTCAATGGACACAACTTATTG > 1:715197/1‑91 GGTATTGTCGTAGCAATTATTGGTGCACCGTATTTCTTATATTTAATGTACAAAACGAAAAATGTATAGTGTCAATGGACACAACTTATTG > 1:715221/1‑91 GGTATTGTCGTAGCAATTATTGGTGCACCGTATTTCTTATATTTAATGTACAAAACGAAAAATGTATAGTGTCAATGGACACAACTTATTG > 2:3946526/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |