| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 729254 = | 166 (0.810) | 22 (0.130) | 11/136 | NT | 13.3% | intergenic (+55/‑96) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 729295 = | 147 (0.850) | intergenic (+96/‑55) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/729355‑729254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGC > USA300TCH1516_ALE/729295‑729384 ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:1222683/91‑1ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:3748149/91‑1 TTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTTAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACG < 1:3426910/91‑1 TTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACG > 1:2230346/1‑91 TCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGA > 1:3616863/1‑91 TCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGA > 1:3616879/1‑91 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:721336/91‑1 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:3310099/91‑1 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT > 1:293215/1‑91 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT > 1:2903073/1‑91 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:721891/91‑1 ATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:2228504/91‑1 TTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATT > 2:3146615/1‑91 TTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATT < 1:289052/91‑1 TTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATT > 1:2733231/1‑91 TACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTG > 2:1494558/1‑91 TACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTG > 2:1494404/1‑91 TACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTG < 1:3051231/91‑1 ACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGC < 1:1085523/91‑1 ACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGC < 1:3182986/91‑1 ACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGC > 1:521939/1‑91 ACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGC > 2:3212394/1‑91 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT > 1:392678/1‑91 CATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCT < 2:838251/91‑1 TCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTT > 1:1872956/1‑91 TCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTT < 1:3537423/91‑1 TCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTT > 1:3650599/1‑91 TCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTT < 1:3609119/91‑1 TCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTT < 2:586114/91‑1 CGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTT > 1:3311280/1‑91 CGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTT > 2:773209/1‑91 AAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTAC > 1:771481/1‑91 AAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGAT > 1:1560596/1‑91 aCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGT > 1:3025740/2‑91 GCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGT > 1:3025799/1‑91 GCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGT > 2:882392/1‑91 GCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGT > 2:805216/1‑91 GCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGT > 1:2593026/1‑91 ATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAAT > 1:1784779/1‑91 ATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAAT > 1:2851225/1‑91 TTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATG > 1:1151961/1‑91 TTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATG > 1:2471215/1‑91 TTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATACAGAGGTACGATGTAATG > 1:3388467/1‑91 TCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGA > 2:2808453/1‑91 GCCCGATAAGAGCAGAGACGAATTGCTTATTATCTTTATTCAGTCTATCAATATGAGCGACTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAAT > 2:3272989/1‑91 CCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATA > 1:3168423/1‑91 CCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATA > 1:2973092/1‑91 CCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATA > 1:2741305/1‑91 CCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAA > 2:554829/1‑91 CCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGAACGATGTAATGAATAA > 2:554954/1‑91 CGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAA > 1:952849/1‑91 AGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATA > 1:675280/1‑91 AGTAGAGACGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATA > 1:938011/1‑91 gcATTGCTTTTTATATTTATGCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGACAGGTACGACTTAATGAATAAAGATAACAAATGGACGA > 2:3866999/3‑91 GAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGGTAATCAATGGACGA > 2:3867169/1‑91 GAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGA > 2:166005/1‑91 GAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGA < 2:1500070/91‑1 GAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGA < 1:2272329/91‑1 GAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGA > 2:166794/1‑91 GAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGA > 1:363551/1‑91 AATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGAT < 1:809580/91‑1 AATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGAT < 1:2456362/91‑1 ATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATG < 1:2197242/91‑1 TTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGA < 2:1757387/91‑1 TTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGA < 1:885516/91‑1 TTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGA > 1:1818451/1‑91 TTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGA > 1:3259563/1‑91 TGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAACTGGACGATGAT > 1:3583066/1‑91 TGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGAT < 2:526491/91‑1 GCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATA > 1:776272/1‑91 GCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATA > 1:2091802/1‑91 GCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGCAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATA > 2:2743514/1‑91 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA > 1:1976849/1‑91 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:2894724/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA > 2:3735060/1‑91 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:400892/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 2:3313045/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:462154/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 2:127909/91‑1 CTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAA < 1:699872/91‑1 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGTGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC > 2:3448399/1‑91 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC < 2:3209764/91‑1 TTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAAC > 2:1960253/1‑91 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT < 1:1885943/91‑1 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT < 1:1885968/91‑1 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT > 1:1316243/1‑91 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT > 1:1153850/1‑91 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT > 2:195835/1‑91 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT > 2:195778/1‑91 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT < 1:2901315/91‑1 TTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT > 1:3261744/1‑91 TTTGATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACT < 2:3624353/91‑1 TTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTG < 1:2634020/91‑1 TTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGC > 1:3265255/1‑91 ATTCATTACATCGTACCTCTCTATTTGTTAGACGCTCATATTAATAGACTGAATAAATATAAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/729355‑729254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgaattgcttttTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACGATGTAATGAATAAAGATAATAAATGGACGATGATAACTGC > USA300TCH1516_ALE/729295‑729384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |