| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 729254 = | 166 (0.810) | 22 (0.130) | 11/136 | NT | 13.3% | intergenic (+55/‑96) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 729295 = | 147 (0.850) | intergenic (+96/‑55) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > USA300TCH1516_ALE/729164‑729344 | aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:2300070‑M1/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:282328‑M1/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:1562748‑M1/1‑91 (MQ=255) agttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatatcaaa < 2:3624353‑M1/3‑1 (MQ=255) agttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaa > 1:1153850‑M1/89‑91 (MQ=255) agttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaa > 1:1316243‑M1/89‑91 (MQ=255) agttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaa > 1:3261744‑M1/89‑91 (MQ=255) agttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaa > 2:195835‑M1/89‑91 (MQ=255) aCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAA < 1:3002434‑M1/91‑1 (MQ=255) gttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataaaaa < 2:3209764‑M1/4‑1 (MQ=255) cGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 1:2129025‑M1/91‑1 (MQ=255) cGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 2:40221‑M1/91‑1 (MQ=255) ttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAg < 1:2894724‑M1/5‑1 (MQ=255) ttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAg < 2:3313045‑M1/5‑1 (MQ=255) tatcatcgtccatttattatctttattcattgcatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGc > 2:2743514‑M1/86‑91 (MQ=255) tAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 1:2569993‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 2:1291820‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 2:2264073‑M1/91‑1 (MQ=255) atcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCa < 2:526491‑M1/7‑1 (MQ=255) atcatcgtccagttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCa > 1:3583066‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA > 2:1074863‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA < 1:1606477‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT > 2:2915935‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT < 1:1877551‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT > 1:3324597‑M1/1‑91 (MQ=255) atcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAAtt < 1:809580‑M1/10‑1 (MQ=255) atcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAAtt < 1:2456362‑M1/10‑1 (MQ=255) aaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 2:3714999‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 1:3751769‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 2:265785‑M1/1‑91 (MQ=255) tcgtccatttgttatctttattcattaagtcgtacctgtctatttgttagacgctcatattaatagactgcataaatataAAAAGCaatgc > 2:3866999‑M1/81‑89 (MQ=255) tcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTc < 1:2272329‑M1/11‑1 (MQ=255) tcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTc > 2:166005‑M1/81‑91 (MQ=255) tcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTc < 2:1500070‑M1/11‑1 (MQ=255) tcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTc > 1:363551‑M1/81‑91 (MQ=255) tGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCG > 2:912534‑M1/1‑91 (MQ=255) ggATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtct > 1:351399/1‑91 (MQ=255) gATAAAAAACATATTGCTTACTACCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGGTTTATCCTTAAAAGCAATTCGtctc < 1:1402866/91‑1 (MQ=255) gATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtctc < 1:29439/91‑1 (MQ=255) gATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtctc > 2:1457352/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTctct > 2:2073328/1‑91 (MQ=255) tattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTAct > 1:938011‑M1/72‑91 (MQ=255) aaaaCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTActc < 2:1450353/91‑1 (MQ=255) aCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGCATCACTTTGTTTTAACCTTAACAGCAATTCGTCTCTACTCTTa > 2:2206686/1‑91 (MQ=255) cATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTAt < 2:139907/91‑1 (MQ=255) cATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTAt > 1:97933/1‑91 (MQ=255) tatTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCg > 1:67744/1‑91 (MQ=255) ttattcattacatcgttcctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCgg > 2:554954‑M1/64‑91 (MQ=255) ttGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGcccgataagagtagaga < 2:3475425‑M1/91‑18 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGcccgataagagtagagac < 2:980331‑M1/91‑19 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGcccgataagagtagagac < 1:3801498‑M1/91‑19 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGcccgataagagtagagac < 1:2102287‑M1/91‑19 (MQ=255) gCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGcccgataagagtagagacg < 1:3238542‑M1/91‑20 (MQ=255) gCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcg > 2:867228‑M2/1‑89 (MQ=255) cTTAATATCATATGAGGGCTATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcga > 1:633880‑M2/1‑88 (MQ=255) atatCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGcccgataagagtagagacgaattg < 2:2810344‑M1/91‑25 (MQ=255) tatCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcgaattgc < 1:424658‑M2/91‑9 (MQ=255) acatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGc > 1:2593026‑M1/55‑91 (MQ=255) atCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcgaattgct > 1:1746341‑M2/1‑82 (MQ=255) atCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcgaattgct > 2:3381565‑M2/1‑82 (MQ=255) tCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcgaattgctt > 1:1130299‑M2/1‑81 (MQ=255) cATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcgaattgcttt > 1:1800803‑M2/1‑80 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGcgaattgctttt < 2:1987053‑M2/91‑13 (MQ=255) gggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatt > 1:1261055/1‑91 (MQ=255) ggATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtattt < 1:100177/91‑1 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat < 2:3579975/91‑1 (MQ=255) tatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttatt < 2:1155868/91‑1 (MQ=255) tatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATCGCTTTTTAtatttatt < 1:2759710/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 1:533685/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 1:1457974/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc < 2:2947569/91‑1 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAg < 2:1210559/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCt < 2:760920/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCt > 2:3074290/1‑91 (MQ=255) tttACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTa > 1:144211/1‑91 (MQ=255) tACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAat < 1:3416767/91‑1 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata > 2:3530421/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATg > 1:2650722/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAACATg > 1:3118830/1‑91 (MQ=255) tGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGc > 2:1873183/1‑91 (MQ=255) gAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCg > 2:2435086/1‑91 (MQ=255) aTCACTTTGTTTTGACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTAGCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTc < 1:3962870/91‑1 (MQ=255) aTCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTc > 2:3265210/1‑91 (MQ=255) tCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCt < 2:1723831/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTaa > 1:197174/1‑91 (MQ=255) aCTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTaa > 2:1785811/1‑91 (MQ=255) tttGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACa < 2:214210/91‑1 (MQ=255) gTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAAt < 1:900063/91‑1 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 1:2718914/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag < 1:73519/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGACTTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga > 2:3080439/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATCCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 1:2015209/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGCGAGGTa < 1:3077074/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTa < 2:2688971/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTa < 1:2433076/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTa < 2:809016/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTa < 1:3403420/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTAc < 1:1077477/91‑1 (MQ=255) AAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACg > 1:3311280‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACg > 2:773209‑M1/1‑91 (MQ=255) | AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > USA300TCH1516_ALE/729164‑729344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |