| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 729265 | 170 (0.830) | 23 (0.130) | 8/136 | NT | 13.6% | intergenic (+66/‑85) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 729282 | 147 (0.850) | intergenic (+83/‑68) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/729164‑729265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagcaattcgCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC < USA300TCH1516_ALE/729282‑729194 AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTA > 1:2384190/1‑91AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTA < 2:1490650/91‑1AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTA < 2:2151742/91‑1 AACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 2:2163407/1‑91 AACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:2300070/1‑91 AACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:1793507/1‑91 AACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:282328/1‑91 AACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:1562748/1‑91 AACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATAGCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAA > 1:3330084/1‑91 ACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAA < 1:3002434/91‑1 CGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGCAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 1:3322333/91‑1 CGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 2:40221/91‑1 CGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 1:2699803/91‑1 CGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 1:2699521/91‑1 CGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 1:2384639/91‑1 CGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 1:2129025/91‑1 CGTAAAAATGCCGATAAAAAACATATGGCATAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGGATCACTTTGTTTTAACCTTAAAA < 2:422704/91‑1 GTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAG > 2:241473/1‑91 GTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAG > 1:1310098/1‑91 TAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 2:1291820/91‑1 TAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 1:3302029/91‑1 TAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 2:2732680/91‑1 TAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 1:2569993/91‑1 TAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 2:2264073/91‑1 TAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGC < 2:1291821/91‑1 AAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA > 2:1075058/1‑91 AAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA > 2:1074863/1‑91 AAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA < 1:1606477/91‑1 AAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA > 1:139121/1‑91 AAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCA > 2:598255/1‑91 AAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAA > 2:3830364/1‑91 AAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAA > 1:1199323/1‑91 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT > 2:2454642/1‑91 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT > 1:3324597/1‑91 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT < 1:1577278/91‑1 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT > 2:2454527/1‑91 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT > 2:2915935/1‑91 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT < 1:1877551/91‑1 AAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACGTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAT < 1:3257204/91‑1 AATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 2:3714999/1‑91 AATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 2:3592216/1‑91 AATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 1:3751769/1‑91 AATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATT > 2:265785/1‑91 ATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTC < 1:2876204/91‑1 TGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCG > 2:912534/1‑91 TGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCG < 1:2447385/91‑1 TGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCG < 2:2821399/91‑1 AAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAG < 2:3069851/91‑1 TTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGA < 1:1511275/91‑1 TTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGA < 2:2675339/91‑1 TTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGA < 2:3475425/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:3628791/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:3801498/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:1722701/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 2:1589090/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:2102287/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:2102351/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 2:980331/91‑1 TGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGAC < 1:102198/91‑1 TGCTAAATATCATATGAGGGATATCCGAGACTTTACAAGTGAATCACATTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGtc < 2:980855/91‑3 GCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACG < 1:3238542/91‑1 GCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACG < 1:3238377/91‑1 GCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACG < 1:1287065/91‑1 GCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACG < 1:1287054/91‑1 CTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGA < 1:3448420/91‑1 TAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:671483/91‑1 TAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAAT < 1:66294/91‑1 AATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCATTTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATT < 2:1767840/91‑1 ATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTG < 2:2810344/91‑1 ATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTG < 2:2810071/91‑1 AAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATAT < 2:1987053/91‑1 AAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATAT < 2:1987315/91‑1 AAAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATAT < 1:1144555/91‑1 AAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATG > 1:1800803/1‑91 AAAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATG < 2:1725307/91‑1 AAGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGA > 1:1130299/1‑91 AGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGAT > 2:3381565/1‑91 AGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGAT > 1:1746341/1‑91 AGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGAT > 1:3315988/1‑91 AGCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGCTAAAACAAAGTCATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGAc > 2:3912005/1‑90 GCAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATA < 1:424658/91‑1 CAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATAT < 1:3705904/91‑1 CAATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATAT > 2:898578/1‑91 AATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATT > 2:2926545/1‑91 AATTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATT < 2:1235608/91‑1 TTCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAA > 2:1199679/1‑91 TCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAG > 1:2934596/1‑91 TCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAG > 1:3210844/1‑91 TCGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATAGCCCTCATATGATATTAAG > 1:633880/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC < 1:1741210/91‑1 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC > 1:2997506/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC < 1:3840937/91‑1 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC > 2:867228/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC > 2:867257/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC < 1:3840970/91‑1 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC > 1:1093540/1‑91 CGCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC > 1:1093459/1‑91 AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/729164‑729265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagcaattcgCCCGATAAGAGTAGAGACGAATTGCTTTTAAGGTTAAAACAAAGTGATTCAATTGTAAAGTTTCGGATATCCCTCATATGATATTAAGC < USA300TCH1516_ALE/729282‑729194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |