| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 745527 | 220 (1.080) | 20 (0.100) | 12/154 | NT | 8.0% | intergenic (+13/‑177) | sarX/USA300HOU_RS03615 | HTH‑type transcriptional regulator SarX/putative transcriptional regulatory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 745553 | 251 (1.280) | intergenic (+39/‑151) | sarX/USA300HOU_RS03615 | HTH‑type transcriptional regulator SarX/putative transcriptional regulatory protein | |||||
TTTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/745435‑745527‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTAGA < USA300TCH1516_ALE/745553‑745464 TTTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAG > 1:2040603/1‑91TTTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAG < 2:2387042/91‑1TTTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAG < 1:565206/91‑1TTTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAG > 1:3566242/1‑91 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT > 2:2229801/1‑91 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT > 2:1509070/1‑91 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT < 2:1123613/91‑1 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT < 1:628309/91‑1 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT < 2:3404850/91‑1 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT < 1:2521104/91‑1 TTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGT < 1:2521022/91‑1 TAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATGTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATT < 1:1025651/91‑1 GATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCT < 2:3149984/91‑1 ATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTT < 2:496459/91‑1 ATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTT < 2:20294/91‑1 TATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTT < 1:89292/91‑1 TATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTT < 1:89308/91‑1 ATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTC < 2:494958/91‑1 TATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTCAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCG < 1:3950917/91‑1 ATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGTCGA‑AAGCAAATTCTATGCTTTCGAC < 1:1246909/91‑1 TCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAGATTGAGTGCCGATGAGCAAGTTCTATGCTTTCGAC < 2:2203279/91‑1 TCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGAC < 1:3567549/91‑1 TCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGAC < 1:579388/91‑1 CTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACA < 2:3953973/91‑1 TAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACAC < 1:791852/91‑1 AAATTTAATGCTTTATTTGGCGATGTAGAACGATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCGTTCGACACT < 2:3088523/91‑1 AAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACT < 1:3474229/91‑1 AATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTC < 2:451554/91‑1 AATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTC < 2:452080/91‑1 AATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTC < 1:1082555/91‑1 ATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCA < 1:2831793/91‑1 GTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTA > 2:3539240/1‑91 GTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTA > 2:3539185/1‑91 GTGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTA > 1:2678667/1‑91 TGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTAG > 2:2259977/1‑91 TGCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTAG < 2:988548/91‑1 GCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTAGA > 1:656676/1‑91 TTTATATTTATTTAAATAATGATGATATATCTAAATTTAATGCTTTATTTGAAGATGTAGAACAATTTTTAAATATTTAATTGAAATTGAGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/745435‑745527‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgCCGATAAGCAAATTCTATGCTTTCGACACTCAATTTCAATTAAATATTTAAAAATTGTTCTACATCTTCAAATAAAGCATTAAATTTAGA < USA300TCH1516_ALE/745553‑745464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |