| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 753691 | 133 (0.650) | 13 (0.080) | 8/130 | NT | 9.2% | intergenic (+34/+62) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 753716 | 148 (0.900) | intergenic (+59/+37) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD | |||||
AATTACCCAATCTAAGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/753587‑753691‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaacacccctaaTATTGTTATCATCAGCTAAACAATGTTAGGGGTGTTTGTTACGCTTATGTATAAATTTTTCACTTTCGAAGATTAATGTAATAGCGCACT < USA300TCH1516_ALE/753716‑753627 AATTACCCAATCTAAGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTA > 1:2531975/1‑91AATTACCCAATCTAAGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTA > 1:1389585/1‑91 ATTACCCAATCTAAGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAA > 1:1035336/1‑91 TTACCCAATCTAAGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAAC < 2:1985847/91‑1 TTACCCAATCTAAGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAAC > 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USA300TCH1516_ALE/753587‑753691‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaacacccctaaTATTGTTATCATCAGCTAAACAATGTTAGGGGTGTTTGTTACGCTTATGTATAAATTTTTCACTTTCGAAGATTAATGTAATAGCGCACT < USA300TCH1516_ALE/753716‑753627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |